ใน The Guardian Legend, ผู้เล่นจะควบคุมหุ่นยนต์คล้ายมนุษย์ผู้หญิงจากโลกซึ่งสามารถเปลี่ยนรูปร่างเป็นหุ่นยนต์รบที่บินได้.[note 1] ภารกิจของผู้เล่นคือเข้าทำลาย Naju ซึ่งเป็นยานคล้ายดาวเคราะห์ที่ถูกส่งมาโดยสิ่งมีชีวิตจากต่างดาวเพื่อมาทำลายโลก[note 2] เมื่อเข้าไปภายใน Naju ผู้เล่นต้องปิดอุปกรณ์ควบคุมความปลอดภัยของ Naju จำนวน 10 ตัว เพื่อเริ่มกลไกการทำลายตัวเองของ Naju และทำลายมนุษย์ต่างดาวก่อนที่ Naju จะเดินทางมาถึงโลก ภายใน Naju แบ่งเป็น 5 เขตซึ่งควบคุมโดยแต่ละเผ่าพันธุ์ต่างดาวที่เป็นศัตรูกัน [6] ผู้เล่นจะต้องต่อสู้กับเผ่าพันธุ์ต่างดาวเหล่านั้นเพื่อที่สามารถปิดสวิทช์อุปกรณ์ควบคุมความปลอดภัยทั้งหมดและหนีออกจาก Naju ได้โดยปลอดภัย[7]

เนื้อเรื่องดำเนินไปโดยผ่านทางข้อความซึ่งถูกทิ้งไว้โดยผู้บุกเข้า Naju คนก่อนๆ ที่ไม่สามารถเริ่มขบวนการทำลายตัวเองของ Naju ได้สำเร็จ ก่อนที่ The Guardian จะบุกเข้ามาใน Naju [8] ข้อความแรกที่ผู้เล่นได้รับเป็นข้อความที่ส่งจากผู้บุกรุกคนเดียวที่ยังคงรอดชีวิตจากการโจมตีของ Naju เป็นข้อความแนะนำเบื้องต้น ส่วนขัอความต่อๆมาจะเป็นข้อความบอกใบ้ที่ช่วยผู้เล่นในการเปิดเส้นทางเดินภายใน Naju[3]