พื้นที่โดยทั่วไปของเทศบาลตำบลบางขนาก เป็นพื้นที่ราบลุ่มต่อเนื่องกับตำบลบางขนาก และเป็นส่วนหนึ่งของที่ราบลุ่มแม่น้ำบางปะกง ภายในชุมชนมีแหล่งน้ำอยู่หลายแห่งด้วยกัน ได้แก่ คลองแสนแสบ คลองตัน คลองสิบแปด คลองสะแก คลองบางอ้อ และคลองชีปะขาว ซึ่งคลองต่างๆ เหล่านี้ ใช้เป็นทั้งแหล่งน้ำเพื่อการเกษตร และเพื่อการระบายน้ำ เทศบาลตำบลบางขนาก ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของอำเภอ มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังต่อไปนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับ ตำบลโยธะกา อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา
• ทิศใต้ ติดต่อกับ ตำบลบางขนาก อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับ ตำบลหมอนทอง อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับ ตำบลบางแตน อำเภอบ้านสร้าง จังหวัดปราจีนบุรี