ตำบลบางขนาก อยู่ในเขตของอำเภอบางน้ำเปรี้ยว เป็นตำบลเก่าแก่ ในปี พ.ศ. 2501 ได้จัดตั้ง"องค์การบริหารส่วนตำบลบางขนาก อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา"ขึ้น ในท้องที่ตำบลบางขนาก เพื่อการรักษาความสงบเรียบร้อยของประชาชน[2]

เทศบาลตำบลบางขนาก แรกเริ่มก่อตั้งตามประกาศกระทรวงลงวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2515 โดยจัดตั้งท้องถิ่นหมู่ที่ 1,2,3,4 และ 6 ตำบลบางขนาก อำเภอบางน้ำเปรี้ยว ซึ่งอยู่ในเขตขององค์การบริหารส่วนตำบลบางขนาก ซึ่งมีสภาพยกฐานะขึ้นเป็นสุขาภิบาลได้ จึงยุบองค์การบริหารส่วนตำบลบางขนาก อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา และยกฐานะท้องถิ่นหมู่ที่ 1,2,3,4 และ 6 ตำบลบางขนากขึ้นเป็น สุขาภิบาลบางขนาก อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 6 มิถุนายน ปีเดียวกัน[3] โดยครอบคลุมพื้นที่บางส่วนของตำบลบางขนาก อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา นับเป็นสุขาภิบาลลำดับที่ 3 ของอำเภอ

ชุมชนบริเวณสุขาภิบาลบางขนากนั้น มีความเจริญอย่างรวดเร็วเป็นอย่างมาก กระทรวงมหาดไทยจึงให้ใช้พระราชกฤษฎีกา ให้ใช้พระราชบัญญัติควบคุมอาคาร พ.ศ. 2522 บังคับในเขตสุขาภิบาลบางขนาก[4] เนื่องจากมีการขยายตัวทั้งในด้านการก่อสร้างอาคารและการผังเมือง ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 9 กันยายน พ.ศ. 2533 โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 24 กันยายน ปีเดียวกัน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 ได้มีพระราชบัญญัติเปลี่ยนแปลงฐานะสุขาภิบาลทั่วประเทศเป็นเทศบาลตำบล ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 116 ตอนที่ 9 ลงวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2542 มีผลใช้บังคับ เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2542 สุขาภิบาลบางขนาก จึงเปลี่ยนแปลงฐานะเป็นเทศบาลตำบลบางขนาก[5] นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ซึ่งตามหลักการและเหตุผลการประกาศใช้พระราชบัญญัติฉบับนี้ ก็เพื่อให้สอดคล้องกับบทบัญญัติของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 และเป็นการกระจายอำนาจให้แก่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น