เดิมเทศบาลตำบลยะหาเป็นส่วนหนึ่งของตำบลยะหา ในยุครัฐบาลจอมพล แปลก พิบูลสงครามได้ประกาศยกฐานะพื้นที่บางส่วนของตำบลยะหาจัดตั้งเป็นสุขาภิบาลยะหา เมื่อวันที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2499[4] ต่อมาพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนแปลงฐานะสุขาภิบาลเป็นเทศบาลเมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 มีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2542 ด้วยเหตุนี้สุขาภิบาลยะหา จึงเปลี่ยนเป็นเทศบาลตำบลยะหา มาแต่นั้น[1]

ทั้งนี้ชื่อ "ยะหา" มาจากคำว่า "ยาฮา" เป็นภาษามลายูปัตตานีแปลว่า "ขี้เหล็ก" ด้วยเหตุนี้ตราสัญลักษณ์ของเทศบาลตำบลยะหาจึงเป็นรูปดอกขี้เหล็กตามนามเมือง[5]