เมืองอโยธยา มีเนื้อที่ทั้งหมดประมาณ 8.4 ตารางกิโลเมตร ครอบคลุมพื้นที่ 3 ตำบล ได้แก่ ตำบลไผ่ลิง 7 หมู่บ้าน ตำบลคลองสวนพลู 2 หมู่บ้าน และตำบลหันตรา 1 หมู่บ้าน

• ทิศเหนือ ติดต่อกับตำบลหันตรา อำเภอพระนครศรีอยุธยา
• ทิศใต้ ติดต่อกับตำบลคลองสวนพลู อำเภอพระนครศรีอยุธยา
• ทิศตะวันออก ติดกับองค์การบริหารส่วนตำบลธนู อำเภออุทัย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับเทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา