พื้นที่ทั่วไปเป็นที่ราบ ไม่มีป่า ไม่มีภูเขา อยู่นอกเกาะเมืองพระนครศรีอยุธยา ซึ่งเป็นเขตเทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา โดยมีสะพานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช สะพานสมเด็จพระเอกาทศรถ และสะพานปรีดีธำรง เป็นสะพานทอดข้ามแม่น้ำป่าสักที่เป็นจุดเชื่อมระหว่างเกาะเมือง เข้าสู่เทศบาลเมืองอโยธยา และมีทางรถไฟจากกรุงเทพมหานคร มุ่งสู่สายเหนือและสายตะวันออกเฉียงเหนือ เป็นแนวแบ่งเขตพื้นที่ของทั้งสองเทศบาล เมืองอโยธยายังมีลำคลองไหลผ่านหลายสาย อาทิ คลองปากข้าวสาร คลองดุสิต คลองหันตรา คลองกระมัง คลองกุฎีดาว คลองเตาอิฐ คลองไผ่ลิง คลองมเหยงค์ เป็นต้น