การเดินทางจากนครย่างกุ้งมุ่งสู่กรุงเนปยีดอระยะทาง 323.3 กิโลเมตร มีความสะดวกและรวดเร็วโดยใช้ถนน 8 เลน ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการทางหลวงพิเศษระหว่างเมืองย่างกุ้ง–เนปยีดอ–มัณฑะเลย์ ระยะทางกว่า 563 กิโลเมตร แต่ปัจจุบันทางหลวงสายนี้ยังไม่ถูกใช้งานอย่างเต็มศักยภาพ ดังจะเห็นได้จากจำนวนรถยนต์ที่วิ่งมีน้อย ส่วนระบบขนส่งสาธารณะยังจำกัดอยู่ในบริเวณใกล้เคียงเท่านั้น โดยรัฐบาลพม่ามีการวางแผนจะสร้างระบบรถไฟใต้ดินระยะทางกว่า 50 กิโลเมตร ซึ่งมีการร่วมทุนกับบริษัทของรัสเซีย ถนนบางเส้นทางในกรุงเนปยีดอห้ามรถจักรยานยนต์วิ่ง

กรุงเนปยีดอมีท่าอากาศยานนานาชาติเนปยีดอซึ่งตั้งอยู่ห่างจากใจกลางเมืองทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ประมาณ 16 กิโลเมตร เดิมเป็นสนามบินขนาดเล็กมีการโดยสารภายในประเทศเท่านั้น แต่หลังจาก พ.ศ. 2552 ทางรัฐบาลพม่ามีแผนที่จะขยายสนามบินให้สามารถรองรับผู้โดยสารได้ 3.5 ล้านคนต่อปี และในวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2554 สายการบิน Hong Kong Airlines เป็นสายการบินต่างชาติสายแรกที่เปิดให้บริการเที่ยวบินระหว่างประเทศคือฮ่องกง–เนปยีดอ และสายการบิน Bangkok Airways ให้บริการเส้นทาง เปิดทำการบินเมื่อวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2557 เปิดบริการทุกวัน (ยกเว้นวันเสาร์)[17]