กรุงเนปยีดอเป็นดินแดนสหภาพซึ่งได้รับการบริหารโดยตรงจากประธานาธิบดี คำสั่งวันต่อวันของประธานาธิบดีจะถูกดำเนินการในนามประธานาธิบดีไปสู่นายกเทศมนตรีและสมาชิกสภาของเนปยีดอ ซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากประธานาธิบดี อันรวมไปถึงพลเรือนและกองทัพ[13]

เมื่อวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2554 ประธานาธิบดีเต้นเซนได้แต่งตั้งให้เต้นหญุ่นเป็นนายกเทศมนตรีเมืองเนปยีดอ พร้อมด้วยสมาชิกอีก 9 คน คือ ต้านเท่, ต้านออง, พันเอก มหยิ่น-อองต้าน, กานชูน, ไปง์โซ่, ซอละ, มหยิ่นซเว, มหยิ่นชเว และมโยหญุ่น[14]

ดินแดนสหภาพเนปยีดอประกอบด้วยเขตเมืองและอีกแปดอำเภอ[15] เขตเมืองถูกแบ่งออกเป็นสามอำเภอคือ อำเภอปยี่นมะน่า, อำเภอแลเว่ และอำเภอตะโก้น ซึ่งเดิมขึ้นกับจังหวัดยะแม่ที่น และมีเขตอำเภอใหม่คือ โอะตะระตีริ, แดะคินะตีริ, โปะบะตีริ, ซะบูตีริ และเซยาตีริ ซึ่งทั้งหมดกำลังถูกก่อสร้าง ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2552 ได้มีการย้ายที่ทำการรัฐบาลมายังเมืองหลวงใหม่แห่งนี้ เหลือเฉพาะสำนักคณะกรรมการกระทรวงยังคงอยู่ในนครย่างกุ้ง[15]

• เมือง
  • เซยะเตะดิ (ဇေယျသိဒ္ဓိ ရပ်ကွက်, บาลี เชยฺยสิทฺธิ)
  • ปยีนญาเตะดิ (ပညာသိဒ္ဓိ ရပ်ကွက်, บาลี ปญฺญาสิทฺธิ)
  • บอกะเตะดิ (ဘောဂသိဒ္ဓိ ရပ်ကွက်, บาลี โภคสิทฺธิ)
  • มีนกะลาเตะดิ (မင်္ဂလာသိဒ္ဓိ ရပ်ကွက်, บาลี มํคลสิทฺธิ)
• อำเภอที่มีอยู่แต่เดิม
  • อำเภอปยี่นมะน่า (ပျဉ်းမနားမြို့နယ်)
  • อำเภอแลเว่ ( လယ်ဝေးမြို့နယ်)
  • อำเภอตะโก้น (တပ်ကုန်းမြို့နယ်)
• อำเภอที่ถูกตั้งขึ้นใหม่
  • อำเภอโอะตะระตีริ (ဥတ္တရသီရိ မြို့နယ်, บาลีอุตฺตรสิริ)
  • อำเภอแดะคินะตีริ (ဒက္ခိဏသီရိ မြို့နယ်, บาลี ทกฺขิณสิริ)
  • อำเภอโปะบะตีริ (ပုဗ္ဗသီရိ မြို့နယ်, บาลี ปุพฺพสิริ)
  • อำเภอซะบูตีริ (ဇမ္ဗူသီရိ မြို့နယ်, บาลี ชมฺพุสิริ)
  • อำเภอเซยาตีริ (ဇေယျာသီရိ မြို့နယ်, บาลี เชยฺยสิริ)