เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2559 ศาลอาญาแผนกคดีทุจริตและประพฤติมิชอบของเจ้าหน้าที่รัฐ พิพากษาให้เธอมีความผิดฐานร่วมกันเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหน้าที่ หรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ราชการ ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157 ให้จำคุก 3 ปี จากกรณีนายพานทองแท้ ชินวัตร และ น.ส.พินทองทา ชินวัตร ซื้อหุ้นบริษัทชินคอร์ปอเรชั่น จำกัด เมื่อปี 2549 ส่งผลให้ราชการเสียหาย ต่อมาเธอได้ยื่นหลักทรัพย์เป็นหนังสือรับรองเพื่อรับการช่วยเหลือเจ้าหน้าที่ที่ต้องหาคดีของกรมสรรพากร มีวงเงินไม่เกิน 4.2 แสนบาท[2]

เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2562 ศาลอาญาแผนกคดีทุจริตและประพฤติมิชอบกลาง นัดอ่านฏีกา คดีที่ ป.ป.ช. เป็นโจทก์ยื่นฟ้อง โดยที่ศาลฏีกาเห็นว่า การกระทำของจำเลยที่ 1-4 (นางเบญจา หลุยเจริญ จำเลยที่ 1) ในการตอบข้อหารือประเมินภาษี การซื้อขายหุ้นชินคอร์ปฯ ให้กับจำเลยที่ 5 รับทราบนั้น แอบแฝงเจตนาที่จะช่วยให้ นายพานทองแท้ และ น.ส.พินทองทา ไม่ต้องแจ้งรายได้ที่เป็นส่วนต่างการซื้อขายหุ้นที่ราคาต่ำกว่าทุน ซึ่งแนวการตอบข้อหารือนั้นไม่ตรงกับข้อหารือที่กรมสรรพากรเคยวินิจฉัยไว้ ดังนั้น ที่ศาลอุทธรณ์พิพากษาลงโทษ ศาลฎีกาเห็นพ้องด้วย ส่วนที่จำเลยขอให้ลงโทษสถานเบาหรือรอลงอาญา เห็นว่าควรลดโทษให้ 1 ใน 3 พิพากษาแก้ให้จำคุกจำเลยที่ 1-4 สองปี[3]

นางเบญจา หลุยเจริญ ถูกส่งตัวเข้าทัณฑสถานหญิง เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2562[4]