เบลเกรดตั้งอยู่ในตอนกลางของประเทศเซอร์เบีย ระหว่างรอยของภูมิภาคสองแห่งคือ ชูมาดียา(อังกฤษ: Šumadija|เซอร์เบีย: Шумадија) กับภูมิภาค วอยโวดีนา(อังกฤษ: Vojvodina|เซอร์เบีย: Војводина) พื้นที่โดยทั่วไปของเมืองเบลเกรดเป็นที่ราบลุ่มแม่น้ำมีเนินต่ำๆสลับ โดยถือเป็นริมขอบทางด้านตะวันออกเฉียงใต้ของเขตที่ราบแพนโนเนียน มีแม่น้ำสำคัญตัดผ่านเมืองสองสายคือ แม่น้ำซาวาไหลมาจากทิศตะวันตกเฉียงใต้และมาบรรจบกับแม่น้ำดานูบซึ่งไหลมาจากทางตะวันตกเฉียงเหนือผ่านเขตวอยโวดีน่า โดยจุดที่แม่น้ำทั้งสองมาไหลรวมกันนั้น ถือว่าเป็นสมรภูมิที่ดีมาแต่ยุคโบราณจึงเป็นที่ตั้งของป้อมปราการโบราณของเบลเกรด(อังกฤษ: Belgrade Fortress) หรือที่เรียกกันในอีกนามว่า คาเลเมกดัน(อังกฤษ: Kalemegdan|เซอร์เบีย: Калемегдан) ซึ่งตั้งอยู่มากว่าสองพันปี

ทั้งนี้แม่น้ำสายหลักทั้งสองสาย นอกจากเป็นเส้นทางคมนาคมแล้ว ยังทำหน้าที่เป็นเส้นแบ่งเขตภูมิภาคที่มาบรรจบกันในเขตของเมืองเบลเกรดด้วย โดยฝั่งซ้ายของแม่น้ำซาวาที่แขวงเซมุน, นอวี เบลเกรด และ ซูร์ชินตั้งอยู่นั้น ถือว่าอยู่ในเขตเซเรมซึ่งเป็นภูมิภาคย่อยของวอยโวดีนา ขณะเดียวกันฝั่งซ้ายของแม่น้ำดานูบอันเป็นที่ตั้งของแขวงปาลิลูลาอยู่ในเขตแดนเรียกกันว่าบานัทซึ่งเป็นอีกหนึ่งภูมิภาคย่อยของวอยโวดีนาเช่นกัน

ในเขตเมืองเบลกราดมีเกาะซึ่งเกิดจากการไหลเซาะของแม่น้ำ โดยในจำนวนนี้สองเกาะซึ่งมีขนาดใหญ่ที่สุดคือ อาดา ซิกันลิยา(อังกฤษ: Ada Ciganlija|เซอร์เบีย: Ада Циганлија) อยู่ห่างจากใจกลางเมืองไปทางต้นแม่น้ำซาว่า อีกเกาะนึงนั้นอยู่ในจุดที่แม่น้ำดานูบไหลมาบรรจบกับแม่น้ำซาวาตรงข้ามป้อมปราการโบราณคือ เวลิโก รัทโน โอสเตอร์โว (อังกฤษ: Veliko Ratno Ostrvo / Great War Island|เซอร์เบีย: Велико Ратно Острво) โดยเกาะทั้งสองนี้ถูกจัดให้เป็นพื้นที่คุ้มครองทางธรรมชาติและเป็นสถานที่พักผ่อนในยามหน้าร้อนของประชากรในเบลเกรด