แป้งของเบเกิลนั้น ดั้งเดิมจะใช้แป้งสาลีที่ถูกคัดรำข้าวออก, เกลือ, น้ำ และ หัวเชื้อยีสต์ แป้งที่เหมาะสมสำหรับการทำเบเกิลคือแป้งที่ทำให้เบเกิลเป็นรูพรุนและมีเนื้อที่นุ่ม[2] เบเกิลส่วนใหญ่นั้นจะใช้สูตรแบบที่จะเพิ่มความหวานลงไปในตัวแป้ง โดยการใส่ข้าวบาร์เลย์, น้ำผึ้ง, หัวเชื้อฟรักโตสจากข้าวโพด, น้ำตาล, ไข่, นม หรือ เนย[2] ซึ่งหัวเชื้อนั้นอาจใช้เทคนิคเดียวกับการทำซอร์โด (sourdough)

เบเกิลส่วนใหญ่จะทำโดยวิธีดังนี้ :

• ผสมส่วนผสมและนวดแป้ง
• ปั้นแป้งให้ได้รูปทรงของเบเกิล โดยมีรูอยู่ตรงกลาง
• เก็บเบเกิลเป็นระยะเวลานาน 12 ชั่วโมงในอุณหภูมิต่ำ 4.5–10 องศาเซลเซียส
• ต้มเบเกิลในน้ำเดือด หรืออาจจะใช้ น้ำด่าง, เบคกิงโซดา, หัวเชื้อข้าวบาร์เลย์ หรือ น้ำผึ้ง แทนน้ำ
• อบที่อุณหภูมิระหว่าง 175–315 องศาเซลเซียส

วิธีการทำเบเกิลที่กล่าวมานั้นเป็นที่นิยมและกล่าวกันว่าจะทำให้เบเกิลมีรสชาติที่โดดเด่น เพราะจะทำให้เนื้อของเบเกิลมีลักษณะผิวมันเงาและนุ่ม ในไม่กี่ปีที่ผ่านมาได้มีวิธีการทำแบบใหม่คือเบเกิลอบไอน้ำ โดยจะไม่มีการต้มเบเกิล และเปลี่ยนเตาอบเป็นการอบด้วยไอน้ำ คล้ายกับการรวบกรรมวิธีให้เหลือเพียงขั้นตอนเดียว[19] ในการผลิตเบเกิล เบเกิลอบไอน้ำจะใช้แรงงานน้อยลงเพราะใช้เพียงวิธีเดียวในการผลิต เบเกิลจะถูกแช่แข็งและนำไปอบไอน้ำ อย่างไรก็ตาม เบเกิลอบไอน้ำนั้นไม่ได้รับการยอมรับในหมู่ครูสอนทำเบเกิล เพราะมีความนุ่มและเหนียวน้อยเกินไปจนคล้ายกับฟิงเกอร์โรลที่มีรูปร่างเหมือนเบเกิล และเบเกิลอบไอน้ำมีคุณภาพที่ต่ำ เพราะมีการฉีดเพิ่มค่า pH ให้เนื้อเบเกิลมีสีน้ำตาล

หากไม่ได้บริโภคเบเกิลในทันที ก็จะสามารถเก็บเบเกิลให้สดใหม่เสมอได้ด้วยการห่อไว้ในถุงกระดาษ และนำถุงกระดาษห่อไว้ในถุงพลาสติกอีกชั้นหนึ่ง ซึ่งจะสามารถเก็บไว้ในช่องแช่แข็งได้ถึง 6 เดือน[20]