ด้วยเหตุที่เกิดเมืองใหม่และเส้นทางค้าขายใหม่ที่ปลอดภัยและสะดวกกว่าในช่วงเวลาต่อมา เปตราที่เคยเจริญรุ่งเรืองด้วยการค้าก็เริ่มสูญเสียอำนาจลง เมืองอ่อนแอและถูกต่างชาติโจมตีเข้าได้ง่าย จนเมื่อถึงปี พ.ศ. 649 (ค.ศ. 106) พวกโรมันนำโดยจักรพรรดิทราจัน หรือ ไทรอะนุส(Traianus) ได้เข้ายึดครองเปตราและผนวกนครนี้เข้าเป็นจังหวัดในจักรวรรดิโรมัน แต่เปตราก็ยังคงดำรงอยู่เรื่อยมาจนถึงราวปี ค.ศ. 300 เมื่อจักรวรรดิโรมันเริ่มคลอนแคลน ซึ่งต่อมาในปี พ.ศ. 906 (ค.ศ. 363) แผ่นดินไหวก็ได้ทำลายอาคารและระบบชลประทานที่ถือว่าดีมากของเมืองลง[5]

ในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 5 เปตรากลายเป็นที่ตั้งคริสต์ศาสนามณฑลของบิชอป แล้วถูกมุสลิมยึดในคริสต์ศตวรรษที่ 7 แล้วก็เสื่อมถอยมาเรื่อย ๆ จนลบเลือนหายไปจากผู้คน