ลักษณะเด่นของเพอร์โซนา 3 อยู่ที่รูปแบบการเล่นซึ่งผสมลักษณะของเกมซิมูเลชันแนวจีบสาวเข้ากับการฝ่าดันเจี้ยนแบบเกมอาร์พีจีทั่วๆไป โดยผู้เล่นจะควบคุมการใช้ชีวิตของตัวเอกในแต่ละวัน ซึ่งกิจกรรมของตัวเอกนั้นจะมีผลกับค่าสถานะทั้งสามของตัวเอก คือ ความรู้ เสน่ห์ และ ความกล้าหาญ ค่าสถานะทั้งสามนี้ไม่มีผลกับการต่อสู้ แต่จะมีผลต่อการทำอีเวนต์ต่างๆในแต่ละวัน ซึ่งรวมถึงการสร้างความสัมพันธ์ทางสังคมกับตัวละครต่างๆ เรียกว่าโซเชียลลิงก์ (Social Link ฉบับภาษาญี่ปุ่นจะเรียกว่า คอมมิว (ญี่ปุ่น: コミュ โรมาจิ: Comiu) ซึ่งย่อมาจาก คอมมิวนิตี) ซึ่งตัวละครที่เป็นโซเชียลลิงก์นี้จะแยกตามอาร์คานาต่างๆและตัวละครแต่ละตัวก็จะมีเนื้อเรื่องย่อยของตัวเองซึ่งค่อยๆเปิดเผยเมื่อผู้เล่นสนิทสนมกับตัวละครนั้นมากขึ้น

ในส่วนของการต่อสู้นั้น ตัวเอกสามารถนำสมาชิกร่วมกลุ่มได้สูงสุดสามคน นอกจากจะโจมตีศัตรูโดยการใช้อาวุธแล้ว ตัวละครยังสามารถเรียก เพอร์โซนา ซึ่งมีรูปลักษณ์เป็นสิ่งต่างๆในตำนานและความเชื่อ ระดับความสามารถของตัวละครนั้นจะขึ้นอยู่กับเพอร์โซนาที่ใช้ ตัวเอกเป็นตัวละครตัวเดียวที่ผุ้เล่นสามารถเปลี่ยนเพอร์โซนาในการต่อสู้ได้ ผู้เล่นยังสามารถผสมเพอร์โซนาของตัวเอกเพื่อให้ได้เพอร์โซนาใหม่ได้คล้ายกับปิศาจในเมกามิเทนเซย์ภาคอื่นๆ เพอร์โซนาแต่ละตนนั้นจะแบ่งเป็นกลุ่มต่างๆตามอาร์คานา และความสนิทสนมระหว่างตัวเอกกับตัวละครโซเชียลลิงก์จะทำให้เพอร์โซนาในอาร์คานาเดียวกันที่ได้จากการผสมแข็งแกร่งขึ้นตามไปด้วย ระหว่างการต่อสู้ ผู้เล่นจะสามารถควบคุมตัวเอกได้เพียงคนเดียวและตัวละครอื่นๆจะทำการต่อสู้โดยอัตโนมัติ แต่ตัวเอกจะสามารถกำหนดรูปแบบคร่าวๆของตัวละครอื่นๆได้

เพอร์โซนา 3นี้มีดันเจี้ยนหลักคือ หอคอยทาร์ทารัส ซึ่งผู้เล่นต้องทำการสำรวจขึ้นไปเรื่อยๆและต่อสู้กับศัตรูที่เรียกว่า ชาโดว์ ส่วนใหญ่แล้วแต่ละชั้นของทาร์ทารัสจะทำการสุ่มขึ้นทุกครั้งที่ตัวเอกทำการสำรวจ นอกจากชั้นเฉพาะที่มีบอสอยู่ ซึ่งในชั้นเฉพาะนี้จะมีเช็กพอยต์ซึ่งทำให้ผู้เล่นสามารถกลับมายังชั้นนั้นๆได้จากทางเข้าของทาร์ทารัส ผู้เล่นจะทำการสำรวจทาร์ทารัสได้ถึงชั้นที่กำหนดไว้เท่านั้น โดยชั้นที่ถูกขวางกั้นไว้จะสามารถขึ้นไปได้เมื่อดำเนินเรื่องถึงจุดหนึ่ง โดยผู้เล่นต้องต่อสู้กับบอสสำคัญที่จะออกมาในแต่ละเดือน