เฟรนช์พอลินีเชียแบ่งออกเป็น 5 เขตการบริหารย่อย (administrative subdivisions, ฝรั่งเศส: subdivisions administratives) ได้แก่

• หมู่เกาะวินด์เวิร์ด (ฝรั่งเศส: อีลดูว์ว็อง (Îles du Vent) หรือชื่อทางการ la subdivision administrative des Îles du Vent)
• หมู่เกาะลีเวิร์ด (ฝรั่งเศส: อีลซู-เลอ-ว็อง (Îles Sous-le-Vent) หรือชื่อทางการ la subdivision administrative des Îles Sous-le-Vent) (ทั้ง 2 เขตการปกครอง คือ หมู่เกาะวินด์เวิร์ดและหมู่เกาะลีเวิร์ดเป็นส่วนหนึ่งของหมู่เกาะโซไซตี)
• หมู่เกาะมาร์เควซัส (ฝรั่งเศส: มาร์กีส (Marquises) หรือชื่อทางการ la subdivision administrative des (Îles) Marquises)
• หมู่เกาะออสตราล (ฝรั่งเศส: โอสทราล (Australes) หรือชื่อทางการ la subdivision administrative des (Îles) Australes) (รวมหมู่เกาะบาสส์)
• ตัวโมตู-แกมเบียร์ (ฝรั่งเศส: ตัวโมตู-ก็องบีเย (Tuamotu-Gambier) หรือชื่อทางการ la subdivision administrative des (Îles) Tuamotu-Gambier) (ตัวโมตูและหมู่เกาะแกมเบียร์)

นอกจากตาฮีตีแล้ว ยังมีอะทอลล์ (เกาะปะการัง) เกาะ และกลุ่มเกาะที่มีความสำคัญในเฟรนช์พอลินีเชียอื่น ๆ อีก ได้แก่ บอราบอรา ฮีวาอัว วาฮีเน ไมเอา มาอูปีตี เมเฮเตีย มูเรอา นูกูฮีวา ไรอาเตอา ตาฮา เตเตียรัว ตูบูไอ และตูไป