เฟรนช์เกียนาเดิมเป็นที่อยู่อาศัยของชนพื้นเมืองอเมริกันจำนวนมาก มีชาวฝรั่งเศสเข้ามาตั้งถิ่นฐานระหว่างคริสต์ศตวรรษที่ 17 โดยเป็นที่ตั้งถิ่นฐานของนักโทษซึ่งเป็นที่รู้จักในชื่อว่าเกาะเดวิลส์ (Devil's Island) ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1852 (พ.ศ. 2395)-ค.ศ. 1951 (พ.ศ. 2494) ต่อมาข้อพิพาทเรื่องดินแดนกับบราซิลเกิดขึ้นในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 ในพื้นที่ป่าอันกว้างขวางทางภาคใต้ นำไปสู่การประกาศรัฐเอกราชนิยมฝรั่งเศสที่มีชื่อว่ากูนานี (Counani) ในเขตที่เกิดเป็นข้อพิพาทรวมทั้งเกิดการต่อสู้ระหว่างผู้ตั้งถิ่นฐานด้วยกันเอง ก่อนที่ข้อพิพาทจะยุติลงโดยการตัดสินโดยอนุญาโตตุลาการจากรัฐบาลสวิตเซอร์แลนด์ให้บราซิลได้รับผลประโยชน์เป็นส่วนใหญ่ จากนั้นเฟรนช์เกียนาได้กลายเป็นจังหวัดโพ้นทะเลของฝรั่งเศสในปี ค.ศ. 1946 (พ.ศ. 2489) ในคริสต์ทศวรรษ 1970 มีการอพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานของผู้ลี้ภัยชาวม้งจากประเทศลาว การเคลื่อนไหวเพื่อเรียกร้องสิทธิในการปกครองตนเองมากขึ้นจากฝรั่งเศสเริ่มขึ้นในคริสต์ทศวรรษ 1970 และ 1980 การต่อต้านโดยกลุ่มที่เรียกร้องการปกครองตนเองนั้นก็มีเสียงเรียกร้องเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ แต่การเดินขบวนในปี ค.ศ. 1996 (พ.ศ. 2539) ค.ศ. 1997 (พ.ศ. 2540) และ ค.ศ. 2000 (พ.ศ. 2543) ทั้งหมดจบลงด้วยความรุนแรง