เฟิร์นชนิดต่าง ๆ มีถิ่นอาศัยที่หลากหลาย เช่น อาศัยบนภูเขาสูง, พื้นที่ชุ่มชื้น, พื้นที่เปิดโล่ง, ในน้ำ, บนหินในทะเลทรายที่แห้งแล้ง, บนรอยแตกบนหิน, พื้นที่ชุ่มน้ำที่มีสภาพเป็นกรด เช่น บึง และ หนองน้ำ, หรือ บนต้นไม้เขตร้อน เป็นต้น

เฟิร์นหลายชนิดพบร่วมกับเห็ดราไมคอไรซา อีกหลายชนิดเติบโตได้เฉพาะในค่าความเป็นกรด-เบส (pH) ในช่วงค่าที่มีระดับที่พิเศษ เช่น Lygodium ที่พบทางตะวันออกของทวีปอเมริกาเหนือที่เติบโตในความชื้นสูง และดินเป็นกรดเข้มข้นเท่านั้น ในขณะที่ Cystopteris bulbifera พบบนหินปูนเท่านั้น

เฟิร์นสามารถแยกได้ 7 ประเภท ตามถิ่นอาศัย[4]

• กลุ่มเฟินดิน-ทนแดด (terrestrial-sun-ferns)
• กลุ่มเฟินดิน-ชอบร่มเงา (terrestrial-shade-ferns)
• กลุ่มเฟินเถาเลื้อย (climbing ferns)
• กลุ่มเฟินเกาะอาศัย หรือไม้อากาศ (epiphytes)
• กลุ่มเฟินผา (lithophytic ferns หรือ rock ferns)
• กลุ่มเฟินน้ำ (aquatic ferns)
• กลุ่มเฟินภูเขา (mountain fern)