เภสัชพฤกษศาสตร์ (อังกฤษ:Pharmaceutical botany) เป็นวิชาที่ศึกษาเกี่ยวกับ สัณฐานวิทยาของพืช และ สารประกอบทุติยภูมิ ซึ่งเป็นวิชาที่มีความสำคัญสำหรับนำไปจัดประเภทหรือแยกพืชสมุนไพรที่เราต้องการได้ การดูลักษณ์ที่สำคัญของพืช ในแต่ละวงศ์ เพื่อ ที่จะได้เห็นถึงเอกลักษณ์สำคัญของพืชวงศ์นั้นๆ บางลักษณ์จะต้องทำการผ่าหรือ ใช้กล้องส่องจึงจะเห็นชัดเจน