การนำสมุนไพรมาใช้เป็นวัตถุดิบในการผลิตยาจำเป็นต้องมีการพิสูจน์เอกลักษณ์ของวัตถุดิบดังกล่าวที่ได้มา เนื่องจากในธรรมชาติมีสมุนไพรมากมายหลากหลายชนิดที่มีลักษณะคล้ายคลึงกัน การพิสูจน์เอกลักษณ์จะเป็นเครื่องยืนยันถึงชนิดพันธุ์สมุนไพรที่นำมาใช้เป็นวัตถุดิบนั้นว่าถูกต้อง และมีสารสำคัญในปริมาณเพียงพอต่อการนำมาผลิตเป็นยาการพิสูจน์เอกลักษณ์ของสมุนไพรที่นิยมกระทำในปัจจุบันคือการตรวจมิญชวิทยาของสมุนไพร (Plant Histology) คือการศึกษาลักษณะของพืชอย่างละเอียดในระดับเซลล์และเนื้อเยื่อโดยอาศัยกล้องจุลทรรศน์ ซึ่งนอกจากประโยชน์การพิสูจน์เอกลักษณ์แล้วนั้น ยังมีประโยชน์ในการตรวจหาสิ่งปลิมปนได้อีกด้วย นอกจากนี้ยังใช้วิธีการพิสูจน์เอกลักษณ์โดยใช้เทคนิคทางโมเลกุล (Molecular Identification) ซึ่งมักใช้เมื่อสมุนไพรมีลักษณะคล้ายคลึงกันมาก ยากต่อการตรวจสอบแม้วิธีการใช้กล้องจุลทรรศน์ โดยอาศัยหลักการของเครื่องหมายทางพันธุกรรม (Genetic Marker) โดยนำเครื่องหมายดังกล่าวมาประยุกต์โดยใช้ลายพิมพ์ดีเอ็นเอ (DNA fingerprinting)