ตระกูลเมดีชีเดิมมาจากชาวกสิกรในบริเวณมูเกลโล (Mugello) ทางตอนเหนือของฟลอเรนซ์ หลักฐานครั้งแรกที่กล่าวถึงครอบครัวนี้ก็มาจากเอกสารที่เขียนเมื่อปี ค.ศ. 1260

ที่มาของชื่อ “เมดีชี” ไม่เป็นที่ทราบแน่นอนแต่คำว่า “เมดีชี” ในภาษาอิตาลีหมายถึง “หมอยา” สมาชิกตระกูลเมดีชีเริ่มมามีตำแหน่งสำคัญๆ เมื่อคริสต์ศตวรรษที่ 14 ในกิจการค้าขายขนแกะ โดยเฉพาะกับประเทศฝรั่งเศส และ ประเทศสเปน ถึงแม้ว่าจะเริ่มมีชื่อเสียงทางการปกครองในบางเมืองแต่ก็ยังไม่มีความสำคัญมากเท่าตระกูลใหญ่ๆ เช่นตระกูลอัลบิซซิ (Albizzi) หรือ ตระกูลสโตรซซิ (Strozzi) สมาชิกที่สำคัญคนหนึ่งที่น่าจะกล่าวถึงในสมัยคริสต์ศตวรรษที่ 14 ก็คือซาลเวสโตร เดอ เมดีชี (Salvestro de Medici) ผู้เป็นวาทกรของ สมาคมพ่อค้าขนแกะระหว่างการปฏิวัติชิออมปิ (Ciompi) จนถูกเนรเทศเมื่อปี ค.ศ. 1382 การที่ตระกูลเมดีชีเข้าไปมีส่วนในการปฏิวัติอีกครั้งหนึ่งเมื่อปีค.ศ. 1400 ทำให้ทั้งตระกูลถูกห้ามเข้ามาเกี่ยวข้องกับการเมืองและการปกครองของเมืองฟลอเรนซ์เป็นเวลาราว 20 ปี ยกเว้นเมื่ออาเวราร์โด (Averardo (Bicci) de Medici) ก่อตั้งวงศ์เมดีชี (Medici dynasty)

จิโอวานนิ ดิ บิชชิ (Giovanni di Bicci de Medici) ผู้เป็นลูกชายของอาเวราร์โด สร้างความร่ำรวยให้แก่ครอบครัวเมดีชีเพิ่มขึ้นอีกโดยการก่อตั้ง “ธนาคารเมดีชี” และกลายเป็นผู้ที่ร่ำรวยที่สุดในฟลอเรนซ์ ถึงแม้ว่าจิโอวานนี ดิ บิชชิจะไม่มีตำแหน่งทางการเมืองแต่ก็ได้รับการสนับสนุนเมื่อจิโอวานนิเสนอวิธีเก็บภาษีแบบสัดส่วน (proportional taxing system) โคสิโม เดอ เมดีชี หรือที่รู้จักกันในนาม “โคสิโมผู้อาวุโส” ผู้เป็นลูกชายของจิโอวานนิดำเนินกิจการต่อมาเมื่อปี ค.ศ. 1434 ในฐานะ “gran maestro” หรือ “grand master” ในภาษาอังกฤษและได้รับตำแหน่งประมุขของรัฐฟลอเรนซ์อย่างไม่เป็นทางการ

ตระกูลเมดีชี สาย “อาวุโส” ที่สืบสายมาจาก “โคสิโมผู้อาวุโส” ปกครองรัฐฟลอเรนซ์มาจนเมื่อ อเลสซานโดร เดอ เมดีชีผู้เป็นดยุกคนแรกของฟลอเรนซ์ถูกลอบสังหารเมื่อปี ค.ศ. 1537 การปกครองของตระกูลเมดีชีถูกขัดจังหวะลงสองหน (ระหว่างปี ค.ศ. 1494 ถึงปี ค.ศ. 1512 และ ระหว่างปี ค.ศ. 1527 ถึงปี ค.ศ. 1530) เมื่อมีการปฏิวัติจากประชาชนขับตระกูลเมดีชีออกจากเมือง

อำนาจของตระกูลเมดีชีจึงผ่านไปยังสาย “เล็ก” ที่สืบสายมาจากลอเรนโซ ดิ โคสิโม เดอ เมดีชี หรือที่รู้จักกันในนาม “ลอเร็นโซผู้พ่อ” ผู้เป็นลูกคนเล็กของจิโอวานนี ดิ บิชชิ โดยเริ่มจากโคสิโมที่ 1 เดอ เมดีชี หรือ “Cosimo the Great” การขยายอำนาจของตระกูลเมดีชีบรรยายไว้อย่างละเอียดโดยเบเนเด็ตโต เดอี (Benedetto Dei)

โคสิโมที่ 1 และพ่อเริ่มวางรากฐานตระกูลเมดีชีในทางการธนาคาร การผลิต (รวมทั้งการให้สัมปทานทางธุรกิจ) ทางฐานะทางการเงิน ทางศิลปะ ทางการอุปถัมภ์ศิลปิน และทางศาสนาเพื่อที่จะให้ตระกูลนี้มีอำนาจเป็นเวลานานหลายชั่วคนต่อมา ว่ากันว่าในสมัยของโคสิโม ครึ่งหนี่งของประชากรชาวฟลอเรนซ์เองก็ทำงานให้กับตระกูลเมดีชีในกิจการอย่างใดอย่างหนึ่ง