ในปี ค.ศ. 1933 มาทิลดา บรูกส์ นักชีววิทยาชาวอเมริกันค้นพบว่าเมทิลีนบลูใช้เป็นยาต้านภาวะเป็นพิษคาร์บอนมอนอกไซด์และการเป็นพิษจากไซยาไนด์[12] ถึงแม้จะไม่แนะนำให้ใช้เมทิลีนบลูในการรักษาภาวะเหล่านี้แล้ว[4] แต่เมทิลีนบลูยังปรากฏเป็นยาต้านพิษในยาหลักขององค์การอนามัยโลก[13] ปัจจุบันเมทิลีนบลูใช้เป็นยารักษาภาวะเมทฮีโมโกลบินในเลือด[2] โดยเฉพาะในรายที่มีระดับเมทฮีโมโกลบินมากกว่า 30% หรือไม่ตอบสนองต่อการรักษาด้วยออกซิเจน[2] โดยให้ทางหลอดเลือดดำ[4]

ผลข้างเคียงของการใช้ยาเมทิลีนบลู ได้แก่ ปวดศีรษะ อาเจียน สับสน หายใจลำบาก ความดันโลหิตสูง ผลข้างเคียงอื่น ๆ รวมถึงการสลายของเม็ดเลือดแดงและภูมิแพ้[4] การใช้เมทิลีนบลูมักทำให้เหงื่อ ปัสสาวะ และอุจจาระมีสีน้ำเงินถึงเขียว[2] เมทิลีนบลูมีคุณสมบัติยับยั้งมอนอเอมีนออกซิเดส เอนไซม์ที่สลายสารสื่อประสาทเซโรโทนิน[14] มีรายงานว่าผู้ป่วยที่ใช้เมทิลีนบลูร่วมกับยา Selective serotonin re-uptake inhibitors ประสบกับกลุ่มอาการเซโรโทนิน[15] ไม่ควรใช้เมทิลีนบลูในการรักษาโรคพร่องเอนไซม์ G-6-PD เพราะจะทำให้เม็ดเลือดแดงสลาย[16]