เมลิเซนเดอสมภพเมื่อปี ค.ศ. 1105 ในเคาน์ตีอิเดซา (ปัจจุบันอยู่ในประเทศตุรกี) รัฐครูเสดที่ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี ค.ศ. 1098 โดยทรงเป็นบุตรสาวของบอลด์วินแห่งบูลอญ เคานต์แห่งอิเดซากับมอร์เฟียแห่งมาลาเทีย ธิดาขุนนางอาร์เมเนียผู้ปกครองนครมาลาเทียและเป็นขุนนางศักดินาของบอลด์วิน

มอร์เฟียเป็นเพื่อนคู่คิดทางการเมืองของบอลด์วิน ทั้งคู่มีบุตรด้วยกัน 4 คน เป็นผู้หญิงล้วน ได้แก่ เมลิเซนเดอ, อาลิซ (เจ้าหญิงแห่งแอนติออก), ฮอดิเอร์นา (เคาน์เตสแห่งตริโปลี) และโยเวตา (พระอธิการิณีแห่งบีตาเนีย)

ในปี ค.ศ. 1118 บอลด์วินขึ้นเป็นพระเจ้าบอลด์วินที่ 2 แห่งเยรูซาเลม เหล่าขุนนางแนะนำให้พระองค์ทิ้งมอร์เฟียเนื่องจากนางมีแต่พระธิดา พระองค์เป็นกษัตริย์ ควรอภิเษกสมรสเพื่อสร้างผลประโยชน์ทางการเมืองและควรมีพระโอรส ทว่าพระเจ้าบอลด์วินที่ 2 ไม่ยอมทิ้งพระมเหสีและได้เลี้ยงดูเมลิเซนเดอ พระธิดาคนโตมาอย่างทายาท พระนางถูกเรียกว่า “พระธิดาของกษัตริย์และทายาทแห่งราชอาณาจักรเยรูซาเลม” ในปี ค.ศ. 1128 เมลิเซนเดอถูกประกาศเป็นผู้สืบมรดกอย่างเป็นทางการ