การใช้งานเมาส์นั้นมีหลายรูปแบบนอกเหนือไปจากการเลื่อนเมาส์เพื่อเลื่อนเคอร์เซอร์ เช่น การคลิก (การกดปุ่ม) คำว่าคลิกนั้นมีที่มาจากเสียงคลิกเวลาเรากดปุ่มเมาส์นั่นเอง เสียงนี้เกิดขึ้นจาก micro switch (cherry switch) และใช้แถบโลหะที่แข็งแต่ยืดหยุ่นเป็นตัวกระตุ้นสวิทช์ เมื่อเรากดปุ่ม แถบโลหะนี้ก็จะงอ และกระตุ้นให้สวิทช์ทำงานพร้อมทั้งเกิดเสียงคลิก และช่วยให้ภายในไม่มีภาวะสุญญากาศเกิดขึ้น นอกจากนี้นักวิจัยพบว่าผู้ใช้จะตอบสนองกับเสียงคลิกหลังจากกด มากกว่าความรู้สึกที่นิ้วกดลงไปบนปุ่ม

การคลิกครั้งเดียว (Single clicking)

เป็นการใช้งานที่ง่ายที่สุด โดยหมายรวมทั้งการกดปุ่มบนเมาส์ชนิดปุ่มเดียวและชนิดหลายปุ่ม โดยหากเป็นเมาส์ชนิดหลายปุ่ม จะเรียกการคลิกนี้ตามตำแหน่งของปุ่ม เช่น คลิกซ้าย, คลิกขวา

ดับเบิ้ลคลิก (Double-click)

เป็นการคลิกปุ่ม 2 ครั้งติดต่อกันอย่างรวดเร็ว ใช้ในการเปิดไฟล์ต่าง ๆ

ทริเปิลคลิก (Triple-click)

เป็นการคลิกปุ่ม 3 ครั้งติดต่อกันอย่างรวดเร็ว ใช้มากที่สุดใน word processors และใน web browsers เพื่อที่จะเลือกข้อความทั้งย่อหน้า

การคลิกแล้วลาก (Click-and-drag)

คือการกดปุ่มบน object ค้างไว้แล้วลากไปที่ที่ต้องการที่เรากำหนดไว้

Mouse gestures

Mouse gesture เป็นวิธีการผสมผสานการเลื่อนและการคลิกเมาส์ ซึ่งซอฟต์แวร์ที่จะใช้ได้จะต้องจดจำคำสั่งพิเศษต่าง ๆ เหล่านี้ได้ เช่นในโปรแกรมวาดภาพ การเลื่อนเมาส์ในแนวแกน X อย่างรวดเร็วบนรูปร่างใด ๆ จะเป็นการลบรูปร่างนั้น

Tactile mouse

ในปี 2000 Logitech ได้เปิดตัว tactile mouse ซึ่งมีชิ้นส่วนเล็ก ๆ ที่ทำให้เมาส์สั่นได้ ซึ่งเป็นการเพิ่มส่วนติดต่อกับผู้ใช้ที่เกี่ยวข้องกับการสัมผัส เช่นการสั่นเมื่อเคอร์เซอร์อยู่ที่ขอบของ window มีเมาส์ อีกชนิดหนึ่งสามารถถือไว้ในมือโดยไม่ต้องวางบนพื้นผิว โดยสามารถจับการเคลื่อนไหวได้ถึง 6 มิติ (3 มิติ + การหมุนของ 3 แกน = 6 มิติ) ซึ่งมีกลุ่มเป้าหมายสำหรับการนำเสนอทางธุรกิจ เมื่อผู้พูดจะต้องยืนหรือเดินไปมา อย่างไรก็ตาม เมาส์ชนิดนี้ไม่ได้รับความนิยมในวงกว้าง

ความเร็วของเมาส์

ความเร็วของเมาส์มีหน่วยเป็น DPI (Dots Per Inch) ซึ่งคือจำนวนพิกเซลที่เคอร์เซอร์จะเลื่อนได้เมื่อเลื่อนเมาส์ไป 1 นิ้ว (หรือบางทีก็เรียกว่า CPI (Count Per Inch) คือจำนวนครั้งที่เคอร์เซอร์จะเลื่อนได้เมื่อเลื่อนเมาส์ไป 1 นิ้ว) Mouse acceleration/deceleration เป็นทริกของซอฟต์แวร์ที่สามารถทำให้เมาส์เลื่อนช้ากว่าหรือเร็วกว่าความเร็วปกติของมันได้แต่มีอีกหน่วยนึงที่ไม่ค่อยได้รับความนิยมคือหน่วย Mickey เพราะว่าค่า Mickey เกิดจากการนับ dot ที่เคอร์เซอร์เคลื่อนไปได้โดยคิดรวมถึง Mouse acceleration/deceleration ด้วย ทำให้ค่า Mickey สำหรับการใช้งานแต่ละครั้งอาจจะไม่เท่ากัน จึงไม่ได้รับความนิยม