ปุ่มบนเมาส์ในปัจจุบันมีการเปลี่ยนแปลงจากในสมัยแรกเพียงเล็กน้อยเท่านั้น โดยอาจจะเปลี่ยนในเรื่องรูปร่าง จำนวน และการวางตำแหน่ง เมาส์ตัวแรกที่ประดิษฐ์โดยเองเกลบาทนั้นมีเพียงปุ่มเดียว แต่ในปัจจุบันเมาส์ที่นิยมใช้กันมี 2 ถึง 3 ปุ่ม แต่ก็มีคนผลิตเมาส์ที่มีถึง 5 ปุ่ม

เมาส์ที่นิยมใช้กันจะมีปุ่มที่ 2 สำหรับเรียกเมนูลัดในซอฟต์แวร์ที่มีการออกแบบส่วนติดต่อผู้ใช้มารองรับ ไมโครซอฟท์วินโดวส์ระบบปฏิบัติการที่ได้รับความนิยมมากที่สุดก็ออกแบบมาสนับสนุนการใช้ปุ่มที่ 2 นี้ด้วย

ส่วนระบบที่ใช้กับเมาส์ 3 ปุ่มนั้น ปุ่มกลางมักจะใช้เพื่อเรียก แมโคร (แมโคร หรือ Macro คือเครื่องมือที่ใช้เพิ่มการปฏิบัติงานของ Application บางอย่าง ซึ่งเป็นโปรแกรมที่ซ่อนอยู่ภายใต้โปรแกรมนั้น เช่น โปรแกรม Excel ผู้ใช้อาจจะเขียนคำสั่งขึ้นเองเพื่อใช้ทำงานเฉพาะอย่าง นอกเหนือไปจากการทำงานตามปกติของโปรแกรมนั้น) ในปัจจุบันเมาส์แบบ 2 ปุ่มสามารถใช้งานฟังก์ชันปุ่มกลางของแบบ 3 ปุ่มได้โดย คลิกทั้ง 2 ปุ่มพร้อมกัน

ปุ่มเสริม

บางครั้งเมาส์ก็มีปุ่ม 5 ปุ่มหรือมากกว่าขึ้นอยู่กับความชอบของผู้ใช้ ปุ่มพิเศษนี้อาจจะใช้ในการเลื่อนไปข้างหน้าหรือถอยหลังสำหรับการท่องเว็บ หรือเป็นปุ่ม scrolling แต่อย่างไรก็ตามฟังก์ชันเหล่านี้ใช้ไม่ได้กับทุกซอฟต์แวร์ และมักจะมีประโยชน์กับเกมคอมพิวเตอร์มากกว่า (เช่นการเปลี่ยนอาวุธในเกมประเภท FPS หรือการใช้สกิลต่าง ๆ ในเกมแนว MMORPG,RTS) เพราะว่าปุ่มพิเศษพวกนี้ เราสามารถที่จะกำหนดฟังก์ชันอะไรลงไปก็ได้ ทำให้การใช้งานเมาส์เหล่านี้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น

ดักลัส เองเกลบาท นั้นอยากให้มีจำนวนปุ่มมากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ แต่เขาได้บอกว่าเมาส์มาตรฐานนั้นควรจะมี 3 ปุ่ม เพราะว่าเขาไม่รู้จะเพิ่มปุ่มเข้าไปตรงไหนนั่นเอง

ล้อเมาส์

นวัตกรรมอย่างหนึ่งของปุ่มเมาส์คือปุ่มแบบเลื่อน (Scroll wheel ล้อเล็ก ๆ วางในแนวขนานกับผิวของเมาส์ สามารถหมุนขึ้นและลงเพื่อจะป้อนคำสั่งใน 1 มิติได้) โดยปกติแล้วจะใช้ในการเลื่อนหน้าต่างขึ้น-ลง เป็นฟังก์ชันที่มีระโยชน์มากสำหรับการดูเอกสารที่ยาว ๆ หรือในบางโปรแกรมปุ่มพวกนี้อาจจะใช้เป็นฟังก์ชันในการซูมเข้า-ออกได้ด้วย ปุ่มนี้ยังสามารถกดลงไปตรง ๆ เพื่อจะใช้เป็นฟังก์ชันปุ่มที่ 3 ได้อีก เมาส์ใหม่ ๆ บางตัวยังมี Scroll wheel แนวนอนอีก หรืออาจจะมีปุ่มที่สามารถโยกได้ถึง 4 ทิศทาง เรียกว่า tilt-wheel หรืออาจจะมีลักษณะเป็นบอลเล็ก ๆ คล้าย ๆ Trackball บังคับได้ทั้ง 2 มิติเรียกว่า scroll ball