ภายหลังพุทธศตวรรษที่ 18 คาดว่ามีการเปลี่ยนเส้นทางการไหลของแม่น้ำนครนายกซึ่งแต่เดิมไหลผ่านทางทิศตะวันตกของเมืองดงละคร กลายเป็นไหลอย่างปัจจุบันนี้ ทำให้เมืองที่เคยเจริญกลับไม่ได้รับความนิยมเพราะขาดน้ำ ทำให้เมืองดงละครกลายเป็นเพียงเมืองเล็กๆ มีประชากรอยู่ไม่กี่คน เพราะคนส่วนใหญ่ย้ายไปตั้งถิ่นฐานใหม่ตามการไหลของแม่น้ำ เป็นเมืองนครนายกในปัจจุบันนี้

ในช่วงที่เสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 คาดว่าชาวบ้านได้ย้ายเมืองหนีไปอยู่บริเวณเขาใหญ่เพื่อหนีการรุกรานของพม่า ทำให้เมืองร้างไปอีก

ช่วงต้นรัตนโกสินทร์ มีพวกลาวพวน ลาวเวียง และมอญ มาตั้งถิ่นฐานบริเวณนี้ โดยยึดอาชีพทำนาเป็นหลัก ซึ่งมักมีช้างป่าลงมากินข้าวในนาเสมอๆ แต่ต่อมาชาวบ้านย้ายมาอยู่เยอะเข้า ช้างป่าเลยหนีไปอยู่ที่บริเวณเขาใหญ่แทน