เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์มีชื่อกล่าวถึงเป็นครั้งแรกในสมัยกรุงศรีอยุธยาต้นรัชกาลสมเด็จพระมหาจักรพรรดิราวปี พ.ศ. 2091[1] ในสมัยกรุงศรีอยุธยาเรียกว่า "สุวรรณหงส์" ดังทราบได้จากบทเห่เรือของเจ้าฟ้าธรรมธิเบศร์ฯที่ว่า

สุวรรณหงส์ทรงพู่ห้อย

งามชดช้อยลอยหลังสินธุ์
เพียงหงส์ทรงพรหมมินทร์
ลินลาศเลื่อนเตือนตาชม

ในหนังสือตำนานเรือรบไทยพระนิพนธ์สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพได้ทรงกล่าวไว้ว่า เรือศรีสุพรรณหงส์สร้างในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ตามจดหมายเหตุเมื่อปี พ.ศ. 2370 มีหมายรับสั่งให้จัด "เรือพระที่นั่งศรีสุพรรณหงส์" เป็นเรือทรงพระบรมธาตุที่ได้มาจากเวียงจันทน์ ในจดหมายเหตุในรัชกาลที่ 3 และรัชกาลที่ 4 เรียกชื่อเรือนี้ว่า "เรือศรีสุพรรณหงส์" เรือศรีสุพรรณหงส์ได้ชำรุดทรุดโทรมเรื่อยมา และได้รับการซ่อมแซมมาหลายครั้ง

เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ลำปัจจุบัน เป็นเรือพระที่นั่งที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯให้ต่อขึ้นใหม่เพราะเรือพระที่นั่งศรีสุพรรณหงส์ลำเดิมผุพังเกินที่จะซ่อมได้ แต่มาเสร็จสมบูรณ์ในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว และเปลี่ยนชื่อเป็นเรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ มีพลตรี พระยาราชสงคราม (กร หงสกุล) เป็นนายช่าง ประกอบพิธีลงน้ำ เมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ 2454