โลกต้องเผชิญกับภัยคุกคามทางทะเล เมื่อกองเรือปริศนาจากท้องทะเลลึกได้โผล่พ้นผืนน้ำมหาสมุทรขึ้นมาจู่โจมนานาประเทศ โดยที่ไม่มีมนุษย์คนใดสามารถต่อกรได้ ด้วยเพราะศักยภาพกองกำลังเรือที่เข้มแข็งและความเฉลียวลาดในการต่อสู้ ทำให้มนุษยชาติต้องสูญเสียดินแดนทางทะเลให้แก่ผู้รุกราน ที่ได้รับการขนานนามว่า “กองเรือทะเลลึก”

แต่แล้วกองเรืองทะเลลึกก็ได้พบกับคู่ต่อสู้ฝีมือฉกาจ นั่นก็คือ เหล่านาวาสาวติดอาวุธ ผู้พิทักษ์ผืนน้ำแห่งท้องทะเล ที่จะมาต่อกรกับภัยคุกคามครั้งนี้ ความหวังของมนุษยชาติฝากไว้ในมือของพวกเธอเหล่านี้แล้ว…

“ฟุบุกิ” เรือรบพิฆาตสาว รุ่นพิเศษ ได้เข้ามาประจำการในกองทัพเรือเลขานุการ สู่การเป็นน้องใหม่ในสังกัดกองเรือตอร์ปิโดที่สาม หนึ่งในกองกำลังทั้งสี่ของกองทัพ อันประกอบด้วย กองเรือฝูงบินจู่โจมที่หนึ่ง, กองเรือสนับสนุนที่สอง, กองเรือตอร์ปิโดที่สาม, กองเรือตอร์ปิโดที่สี่ ภายในกองทัพแห่งนี้เธอได้พบกับ “มุตสึกิ” และ “ยูดาจิ” เพื่อนร่วมห้องและประจำสังกัดกองเรือตอร์ปิโดที่สามเดียวกัน ร่วมทั้งรุ่นพี่ สามพี่น้องเรือรบสาว “เซนได” พี่สาวคนโต , “จินสึ” พี่สาวคนกลาง และ “นากะ” น้องสาวคนสุดท้าย ซึ่งอยู่ห้องข้างๆ ห้องของพวกฟุบุดิ รวมทั้งเหล่าเรือรบสาวต่างๆ อีกมากมาย ที่ล้วนมีความมุ่งมั่นเดียวกันในการจะกำจัดศัตรูจากทะเลลึกให้สิ้นซาก [2]