ความเข้าใจผิดบางประการเกี่ยวกับเรือโบโรบูดูร์มีดังนี้:

1. เรือที่วิหารโบโรบูดูร์คือเรืออินเดีย ความเห็นนี้ได้รับการสนับบสนุนจากนักวิชาการอินเดียแและดัตช์ที่กล่าวถึงอิทธิพลของอินเดียที่มีต่ออาณาจักรต่าง ๆ ในนูซันตารา ("ภารตภิวัฒน์") ดังนั้น เรือที่ปรากฏในวิหารต้องมาจากอินเดีย นอกจากนี้ยังเกิดจากแนวคิดที่ว่าเรือชวาด้อยกว่าเรืออินเดีย[4][5] ข้อโต้แย้งนี้ถูกหักล้าง เนื่องจากชาวชวาเป็นนักเดินเรือที่มีประสบการณ์และสร้างเรือขนาดใหญ่มาเร็วสุดที่คริสต์สหัสวรรษที่ 1 (ดู kolandiaphonta)[6]:193[7][8]:28-29 และมีลักษณะบ่งบอกถึงแหล่งกำเนิดจากอินโดนีเซีย คือ: มีกรรเชียง ใช้ใบเรือเอียงที่มีไม้ขวางติดใบต่ำ การใช้เสาสองขาและขาตั้งสามขา และระเบียงพายเรือ[9]
2. เรือนี้คือเรือศรีวิชัยหรือเรือมลายู ไม่มีหลักฐาานใดเลยที่สนับสนุนรายงานนี้ ในสมัยศรีวิชัยไม่ค่อยมีการบันทึกประเภทของพาหนะทางน้ำ ประเภทเรือมลายูที่มีการบันทึกคือ samvau (รูปมลายูปัจจุบัน: ซัมปัน) บนจารึกเกอดูกันบูกิต (ค.ศ. 683) ที่สุมาตรา ส่วนพาหนะทางน้ำอีกลำคือลันจัง จากจารึก 2 แห่งที่ชายฝั่งตอนเหนือของบาหลีที่เขียนด้วยภาษาบาหลีเก่าใน ค.ศ. 896 และ 923[10]:149–150 ในขณะเดียวกัน เรือโบโรบูดูร์พบได้เฉพาะในวิหารโบโรบูดูร์ ซึ่งเป็นมรดกชวา ไม่ใช่มลายู[11]:109–110[12]
3. เรือโบโรบูดูร์เป็นเรือมัชปาหิต อันที่จริง บันทึกทางประวัติศาสตร์ของเรือหลักในมัชปาหิตกล่าวถึงจง, มาลังบัง และเกอลูลุซ[13]:290-291 เรือทั้งหมดที่กล่าวถึงไม่มีกรรเชียง[14][13]:266–267