เศรษฐศาสตร์จุลภาคประยุกต์ (อังกฤษ: Applied Microeconomics) เป็นคำเรียกรวมๆ ที่หมายถึงการนำหลักเศรษฐศาสตร์จุลภาคมาประยุกต์เพื่อศึกษาหัวข้อเป็นการเฉพาะเจาะจง เช่น เศรษฐศาสตร์แรงงาน เศรษฐศาสตร์สุขภาพ เศรษฐศาสตร์การศึกษา เศรษฐศาสตร์อุตสาหกรรม นิติเศรษฐศาสตร์ เป็นต้น การศึกษาในหัวข้อเหล่านี้มักนำแนวคิดพื้นฐานของเศรษฐศาสตร์จุลภาค เช่น กลไกราคา อุปสงค์และอุปทาน มาศึกษาหัวข้อเจาะจงทั้งในเชิงทฤษฎีและเชิงประจักษ์