หลังจากเกิดการจลาจลขึ้น รัฐบาลไทยได้ส่งเครื่องบินทหารไปอพยพชาวไทย รวมไปถึงนักการทูตทั้งหมดออกจากกัมพูชา และขับนักการทูตกัมพูชาออกนอกประเทศเพื่อเป็นการตอบโต้ พร้อมกับสั่งปิดพรมแดนของประเทศที่ติดกับกัมพูชา [2] แต่ก็ห้ามไม่ให้ผ่านเฉพาะชาวไทยและชาวกัมพูชาเท่านั้น ได้มีการเปิดพรมแดนอีกครั้งหนึ่งเมื่อวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2546 หลังจากรัฐบาลกัมพูชาจ่ายเงิน 6 ล้านเหรียญสหรัฐเป็นค่าชดเชยสำหรับสถานทูตไทยที่ถูกทำลายไป ในช่วงการชุมนุมประท้วงต่อต้านนายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตร ใน พ.ศ. 2549 นักการทูตไทยที่มีอิทธิพลหลายคน รวมทั้งอดีตเอกอัครราชทูตประจำสหประชาชาติ อัษฎา ชัยนาม และอดีตเอกอัครราชทูตประจำเวียดนาม สุรพงษ์ ชัยนาม ได้กล่าวหาว่ามีการจ่ายค่าชดเชยจริงเพียงครึ่งเดียว รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศได้ปฏิเสธข้อกล่าวหาดังกล่าว[3] รัฐบาลกัมพูชายังได้ตกลงว่าจะชดเชยธุรกิจไทยที่ได้รับความเสียหายด้วย โดยจะมีการเจรจาแยกต่างหาก

ไม่นานหลังเกิดเหตุจลาจล มีการจับกุมครั้งใหญ่มากกว่า 150 คน ซึ่งได้รับการวิพากษ์วิจารณ์โดยกลุ่มสิทธิมนุษยชน โดยชี้ให้เห็นถึงความไม่ชอบมาพากลในกระบวนการและการปฏิเสธของทางการมิให้ดูสภาพที่คุมขังนักโทษ[4] เจ้าของสถานีวิทยุบีไฮฟฟ์ มอม สุนันโธ และบรรณาธิการของรัศมี อังกอร์ ถูกจับกุมโดยไม่มีหมายศาล ถูกแจ้งข้อหายั่วยุให้ก่ออาชญากรรม ยั่วยุให้เกิดการแบ่งแยกและเผยแพร่ข้อมูลเท็จ [5] ในภายหลัง ทั้งสองได้มีการประกันตัวออกไปและไม่มีการพิจารณาคดีหลังจากนั้น[6]