เหยี่ยวกิ้งก่าสีดำเป็นเหยี่ยวขนาดเล็ก หัว คาง ใต้คอ ปีก หลัง ตะโพก ขนคลุมบนโคนหางและใต้โคนหาง รวมทั้งขนหางสีดำ หน้าอกตอนบนมีแถบกว้างสีขาวและมีแถบสีดำพาดเป็นแนวขวางต่อลงไปยังอกตอนล่าง จากอกถึงท้องมีลายพาดขวางสีน้ำตาลอมแดงสลับสีขาวเรียงเป็นแถวลงมา ปีกสีดำมีลายจุดสีขาวและน้ำตาลแดงแต้มไว้ห่างๆ และที่หัวมีขนตั้งขึ้นไปเป็นลักษณะหงอน ทั้งสองเพศมีลักษณะคล้ายคลึงกัน