"ภารกิจของการฝึกชายหนุ่มเหล่านี้ให้เป็นนาวิกโยธินตกเป็นของพวกเรา วันนี้ ในขณะที่เราเริ่มฝึกพวกเขา เราจะตีด้วยค้อนทุบครั้งแรกในการ "ลับคม" ของกองทัพ"

ตามคำสั่งของประธานาธิบดีเอลปิดิโอ กีริโน และรามอน แมกไซไซ ซึ่งต่อมาดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรงกลาโหม เหล่านี้ได้รับการก่อตั้งขึ้นในวันที่ 7 พฤศจิกายน ค.ศ. 1950 ในฐานะกองร้อยหนึ่งของกองเรือนาวิกโยธินที่ 1 แห่งประเทศฟิลิปปินส์ และต่อจากนั้นมีสำนักงานใหญ่ที่ฐานทัพเรือคาบีเต ในคาบีเตซิตี เจ้าหน้าที่จากกองทัพบกสหรัฐและเหล่านาวิกโยธินสหรัฐได้ช่วยฝึกเหล่านาวิกโยธินฟิลิปปินส์ในช่วงแรกเป็นอย่างมากในการศึกและภาระหน้าที่สะเทินน้ำสะเทินบกที่ฟอร์ตโบนีฟาซีโอ ในมากาตีซิตี และในสถานที่อื่น ๆ หลายแห่ง ทั้งนี้ เรือเอก มานูเอล โกเมซ ได้เป็นผู้บัญชาการคนแรก โดยต่อจากนั้น เรือโท เกรโกริโอ ลิม ได้มาเป็นผู้ช่วยของเขา กับนายทหารอีกหกคน (4 ผู้ช่วยจากกองทัพเรือ และอีกสองนายจากกองทัพบกฟิลิปปินส์) ที่มาเข้าร่วมกับพวกเขา ซึ่งนายทหารหลายคนนี้เป็นทหารผ่านศึกจากสงครามโลกครั้งที่สอง

ความพยายามและการฝึกฝนอย่างหนักของพวกเขาบังเกิดผล เมื่อกองร้อยนาวิกโยธินทำการยกพลสะเทินน้ำสะเทินบกเป็นครั้งแรกในวันที่ 19 เมษายน ค.ศ. 1951 ที่อูมิไร เกซอน และมีส่วนร่วมในการต่อสู้เป็นครั้งแรกในวันที่ 4 มิถุนายนของปีเดียวกันในจังหวัดนูเวบาเอซีฮาเพื่อต่อต้านกลุ่มกบฏคอมมิวนิสต์ การต่อสู้เหล่านี้และอื่น ๆ ที่โดดเด่นในส่วนต่าง ๆ ของประเทศ เช่นเดียวกับการเคลื่อนกำลังพลข้ามน้ำข้ามทะเลสู่เกาหลี นำไปสู่การตัดสินใจของกองทัพเรือเพื่อเติมเต็มกองพันนาวิกโยธินที่ 1 กับการเพิ่มของกองร้อยในปี ค.ศ. 1955 และกองบัญชาการตลอดจนกองร้อยบริการในปีเดียวกัน ดังนั้นกองพันนาวิกโยธินของหนึ่งกองบัญชาการและสองกองร้อยปืนเล็กยาวนาวิกโยธิน ซึ่งคราวนี้นาวาตรี ลิม รับผิดชอบ ก็เสร็จสมบูรณ์ (วันที่ 7 พฤศจิกายน ค.ศ. 1955 เป็นวันเลื่อนขั้นอย่างเป็นทางการของกองพันนาวิกโยธินที่ 1 นับเป็นวันครบรอบอย่างเป็นทางการของเหล่าจนถึงปัจจุบันโดยแท้)

นอกจากนี้ เหล่านาวิกโยธินและเหล่าอาวุธจะได้รับการก่อตั้งขึ้นในภายหลังเพื่อเพิ่มการขยายตัวของกองกำลังในคริสต์ทศวรรษ 1960 และเขี้ยวเล็บยังขยายไปสู่การอารักขาระดับวีไอพี รวมทั้งจะเห็นการสนับสนุนเหล่ากลองและแตรเดี่ยวของตัวเองอย่างแท้จริง เหล่านาวิกโยธินได้ปฏิบัติการในการรักษาหมู่เกาะสแปรตลีเมื่อปี ค.ศ. 1971 รวมถึงในการต่อสู้กับกองกำลังแบ่งแยกดินแดนมุสลิมและกองทัพประชาชนใหม่ที่แข็งแกร่งในปีต่อ ๆ ไป เมื่อกองกำลังกลายเป็นกองพันนาวิกโยธินฟิลิปปินส์ด้วยการก่อตัวของกองพันนาวิกโยธินที่ 2 และ 3, หมู่ทหารกองบัญชาการ, กองพันยุทธวิธีเฉพาะกาลที่ 1 (ซึ่งปฏิบัติการปะทะในเกาะมินดาเนากับผู้แบ่งแยกดินแดนอิสลาม) และกองฝึกทางทะเล ซึ่งเป็นกองฝึกนาวิกโยธินฟิลิปปินส์ในเวลาต่อมา

เพื่อเน้นการเปลี่ยนแปลงกองกำลังที่เกิดขึ้นเหล่านี้ในปี ค.ศ. 1976 จึงได้มีการเปลี่ยนชื่อเป็นนาวิกโยธินฟิลิปปินส์

เมื่อถึงช่วงคริสต์ทศวรรษ 1980 การขยายตัวของกองกำลังก็มาพร้อมกับการต่อสู้กับทั้งคอมมิวนิสต์และกลุ่มกบฏมุสลิมติดอาวุธทั่วประเทศ รวมถึงในปี ค.ศ. 1986 ก็มีส่วนร่วมในการปฏิวัติพลังประชาชนที่ประสบความสำเร็จ ปีต่อ ๆ เหล่านาวิกโยธินนี้ได้ปฏิบัติการในรัฐประหารจำนวนหนึ่ง หลังจากนั้นก็เข้าร่วมต่อต้านการบริหารของคอราซอน อากีโน ซึ่งจบลงด้วยความล้มเหลวทั้งหมด นอกจากนี้ โรดอลโฟ เบียซอน ได้กลายเป็นนายพลเหล่านาวิกโยธินคนแรกและรายเดียวที่เป็นหัวหน้ากองกำลังติดอาวุธในฐานะเสนาธิการหลังจากดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนายร้อยฟิลิปปินส์ ซึ่งเป็นนายพลนาวิกโยธินคนแรกและคนเดียวที่จะดำรงตำแหน่งจนถึงปัจจุบันในประวัติศาสตร์โรงเรียนนายร้อยฟิลิปปินส์

ยุคคริสต์ทศวรรษ 1990 จะพบการขยายตัวต่อไปในฐานะกองกำลัง ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพเรือฟิลิปปินส์ โดยกลายเป็นเหล่านาวิกโยธินฟิลิปปินส์ในปี ค.ศ. 1995 ในฐานะครบรอบกองกำลัง 45 ปี ส่วนต้นทศวรรษคริสต์ทศวรรษ 2000 จะพบว่าเหล่านาวิกโยธินไม่เพียงแต่เผชิญหน้ากับผู้ทำสงครามคอมมิวนิสต์และอิสลามเท่านั้น แต่ยังรวมถึงกลุ่มผู้ก่อการร้ายด้วยเช่นกัน

นอกจากนี้ นาวิกโยธินยังได้ปฏิบัติการในยุทธการที่ซัมบวงกาซิตี ค.ศ. 2013 ซึ่งให้การจู่โจมสะเทินน้ำสะเทินบกและการยิงสนับสนุนสำหรับกองกำลังทหารราบ ในระหว่างยุทธการที่มาราวี ค.ศ. 2017 ได้พบพวกเขาต่อสู้กับกลุ่มก่อการร้ายของรัฐอิสลามในฐานะยานพาหนะของพวกเขา เช่น แอลเอวี-300 และวี-150 ได้รับการโมดิฟายด้วยไม้กระดาน เพื่อป้องกันพวกมันจากระเบิดแสวงเครื่องและอาร์พีจี