เอกยุทธ อัญชันบุตร เกิดเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2497[3] เป็นบุตรคนที่ 3 จากจำนวน 5 คน ของ ร้อยโท แปลก อัญชันบุตร นายทหารคนสนิทของจอมพล สฤษดิ์ ธนะรัชต์ และนันทา ฉัตรกุล ณ อยุธยา จบการศึกษาที่โรงเรียนแม้นศรีวิทยา และโรงเรียนเทพประสาทวิทยา แล้วต่อมัธยมศึกษาที่โอมาฮา รัฐเนแบรสกา สหรัฐอเมริกา ก่อนกลับมาทำธุรกิจรับเหมาก่อก่อสร้างร่วมกับพี่ชาย แล้วไปเรียนต่อด้านเศรษฐศาสตร์การเงินการคลังที่มหาวิทยาลัยแปซิฟิก รัฐฮาวาย