คำว่าเอกิเบ็งเป็นคำประสมระหว่าง เอกิ (ญี่ปุ่น: 駅 โรมาจิ: eki) ซึ่งแปลว่าสถานีรถไฟ และ เบ็ง (ญี่ปุ่น: 弁 โรมาจิ: ben) ซึ่งย่อมาจากเบ็นโตหรืออาหารกล่อง[1] ในสมัยก่อนที่จะมีรถไฟในประเทศญี่ปุ่น ผู้เดินทางมักจะห่ออาหารไปเองหรือซื้อเบ็นโตที่มีจำหน่ายตามร้านน้ำชา นอกจากนี้ โรงละครคาบูกิยังจำหน่ายอาหารกล่องที่เรียกว่า มากูโนอูจิเบ็นโต ระหว่างนักแสดงกำลังพักระหว่างเปลี่ยนฉาก เมื่อกิจการรถไฟเริ่มต้นในประเทศญี่ปุ่น เอกิเบ็งจึงเกิดขึ้นตาม เชื่อกันว่าเอกิเบ็งมีจำหน่ายครั้งแรกที่สถานีรถไฟอุตสึโนมิยะใน พ.ศ. 2428 เมื่อเปิดเดินรถเชื่อมต่อกับสถานีอูเอโนะในกรุงโตเกียว[2] เอกิเบ็งยุคแรกมีเพียงโอนิงิริห่อในใบไผ่อ่อนเท่านั้น[2] แนวคิดการจำหน่ายอาหารที่สถานีรถไฟเริ่มแพร่หลายไปทั่วประเทศญี่ปุ่น และใน พ.ศ. 2431 เอกิเบ็งแบบมาตรฐานซึ่งประกอบด้วยข้าวและกับข้าวสองสามอย่างเริ่มวางจำหน่ายที่สถานีรถไฟฮิเมจิ[3] ต้นคริสต์ศตวรรษที่ 20 หลายสถานีเริ่มจำหน่ายเอกิเบ็งที่ปรุงจากอาหารในท้องถิ่น และเอกิเบ็งกลายมาเป็นเบ็นโตแบบเฉพาะที่แตกต่างจากเบ็นโตทั่วไป เอกิเบ็งบางชนิดสามารถหาซื้อได้แค่ที่บางสถานีในท้องถิ่นนั้น ๆ เท่านั้น[4] ตัวอย่างที่รู้จักกันดีได้แก่ อิกาเมชิ หรือหมึกยัดไส้ข้าวที่มีวางจำหน่ายที่สถานีรถไฟโมริ จังหวัดฮกไกโด ซึ่งต่อมาได้เปลี่ยนฐานะจากเอกิเบ็งเป็นอาหารขึ้นชื่อของภูมิภาค[1]

หลังสงครามโลกครั้งที่สอง การเดินทางทางรถไฟได้รับความนิยมเพิ่มมากขึ้นในประเทศญี่ปุ่น และความนิยมเอกิเบ็งยังเพิ่มสูงขึ้นอีกในช่วงทศวรรษ 1970 เนื่องจากอิทธิพลของละครซึ่งสร้างจากมังงะเกี่ยวกับตัวละครที่เดินทางตระเวนชิมเอกิเบ็งทั่วประเทศญี่ปุ่น ที่จุดสูงสุดในช่วงกลางทศวรรษ 1980 ประมาณการว่าการบริโภคเอกิเบ็งในแต่ละวันอยู่ที่ 12 ล้านกล่อง[3] อย่างไรก็ตาม เมื่อการเดินทางทางอากาศได้รับความนิยม และขบวนรถไฟที่เร็วกว่าเดิมเริ่มแพร่หลาย รถไฟด่วนหลายขบวนเช่นชิงกันเซ็งยังลดจำนวนสถานีรายทางที่จอด เอกิเบ็งก็เริ่มเสื่อมความนิยมลงเนื่องจากระยะเวลาเดินทางสั้นลง และโอกาสจำหน่ายยากขึ้น[5] บางสถานีไม่มีเอกิเบ็งจำหน่ายแล้ว[1] จำนวนผู้ผลิตเอกิเบ็งลดลงกว่าร้อยละ 50 จาก พ.ศ. 2530 ถึง พ.ศ. 2551 บางพื้นที่เอกิเบ็งกลายเป็นของฝากประจำท้องถิ่นที่มีภาชนะบรรจุเป็นลักษณะเฉพาะ[3][6]

นอกเหนือจากสถานีรถไฟแล้ว เอกิเบ็งยังมีจำหน่ายตามห้างสรรพสินค้าและท่าอากาศยาน ห้างสรรพสินค้าหลายแห่งจัดเทศกาลเอกิเบ็งประจำปี ซึ่งมีขึ้นครั้งแรกใน พ.ศ. 2509 งานเทศกาลที่ใหญ่ที่สุดจัดขึ้นที่ห้างสรรพสินค้าเคโอที่สถานีรถไฟชินจูกุในกรุงโตเกียว และห้างสรรพสินค้าฮันชิงที่นครโอซากะ[1]