ศ.ดร.เอนก เริ่มชีวิตทางการเมืองโดยเป็นที่ปรึกษาให้กับศาสตราจารย์มารุต บุนนาค ประธานสภาผู้แทนราษฎรในขณะนั้น มีส่วนร่วมในการก่อตั้ง สถาบันพระปกเกล้า ต่อมาในรัฐบาลพลเอกชวลิต ยงใจยุทธได้เป็นที่ปรึกษาให้กับนายจาตุรนต์ ฉายแสง รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการคลัง ก่อนจะมาเป็นที่ปรึกษาให้กับ พลตรีสนั่น ขจรประศาสน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ในรัฐบาลชวน 2

ช่วงหลังจากนั้นจึงได้มีบทบาทในพรรคประชาธิปัตย์ จนสุดท้ายได้ดำรงตำแหน่งรองหัวหน้าพรรค ต่อมาเมื่อพลตรีสนั่น เกิดความขัดแย้งกับ สมาชิกพรรคสายนายชวน หลีกภัย และลาออกจากพรรคประชาธิปัตย์ ดร.เอนกก็ลาออกตาม พล.ต.สนั่น มาก่อตั้งพรรคมหาชน และรับตำแหน่งเป็น หัวหน้าพรรคมหาชน คนแรก

พรรคมหาชนเพิ่งก่อตั้งได้ไม่นานก็ต้องส่งสมาชิกลงสมัครรับเลือกตั้งใน การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรในไทย พ.ศ. 2548 และได้ ส.ส. เพียง 2 คนจากที่เคยตั้งเป้าหมายไว้ที่ 20 คน ศ.ดร.เอนก ในฐานะหัวหน้าพรรคจึงแสดงความรับผิดชอบ โดยลาออกจากตำแหน่ง และต่อมากรรมการบริหารพรรคมหาชนมีมติให้ พลตรีสนั่น รับตำแหน่งหัวหน้าพรรคคนใหม่

ซึ่งในหาเสียงเลือกตั้งคราวนี้ ศ.ดร.เอนก ได้ถูกปรามาสจาก พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร หัวหน้าพรรคไทยรักไทย ว่า เป็นเพียง "ไอ้หนุ่มซินตึ๊ง"

ปัจจุบัน ศ.ดร.เอนก เหล่าธรรมทัศน์ เป็นนักวิชาการ และอธิการวิทยาลัยรัฐกิจ ม รังสิต และเป็นกรรมการสถามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์และราชภัฎภูเก็ต มีหนังสือของตนเองกว่าสิบเล่ม ที่มีชื่อเสียงที่สุดเห็นจะเป็นสองนคราประชาธิปไตย ที่กล่าวว่าการเมืองไทยนั้น คนในชนบทตั้งรัฐบาล ตนในกรุงล้มรัฐบาล และมีหนังสือ พิศการเมือง ที่เน้นประวัติของตนเอง ช่วงการก่อตั้งพรรคมหาชน จัดพิมพ์โดยสำนักพิมพ์ openbooks

ในกลางปี พ.ศ. 2550 เอนกได้ร่วมกับนายประดิษฐ์ ภัทรประสิทธิ์ จัดตั้งพรรคการเมืองขึ้นใหม่ คือ พรรครวมใจไทยชาติพัฒนา แต่ ศ.ดร.เอนก ก็ได้ลาออกจากพรรคดังกล่าวในปีต่อมา และ ปี พ.ศ. 2561 เอนกเป็นสมาชิกและกรรมการบริหารพรรครวมพลังประชาชาติไทย