ศาสตราจารย์พิเศษ เอนก เหล่าธรรมทัศน์ จบการศึกษาชั้นมัธยมต้นที่ โรงเรียนอัสสัมชัญลำปาง ชั้นมัธยมปลายที่ โรงเรียนอัสสัมชัญบางรัก หลังจากนั้นปี พ.ศ. 2515 ได้สอบเข้าศึกษาต่อระดับอุดมศึกษาที่ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ต่อมาได้ร่วมก่อตั้ง พรรคจุฬาประชาชน ปี พ.ศ. 2519 ได้รับเลือกตั้งเป็น นายกสโมสรนิสิต จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย[5] เมื่อเกิดเหตุการณ์ 6 ตุลา ได้ลี้ภัยการเมืองไปอยู่ในป่าที่ เขตจังหวัด พัทลุง ตรัง และสตูล อยู่ประมาณ 4 ปี

เมื่อเหตุการณ์สงบแล้วจึงได้ตัดสินใจเปลี่ยนแนวทางการศึกษาจากแพทย์ศาสตร์มาศึกษาด้านรัฐศาสตร์ ที่ประเทศสหรัฐอเมริกา สมรสกับ ศาสตราจารย์ พญ จิรพร และไปศึกษาต่อด้วยกันที่นั่น เข้าเรียนที่ วิทยาลัยชาร์ลสตัน ในระดับปริญญาตรี จากนั้นก็ได้ไปศึกษาต่อที่ มหาวิทยาลัยจอร์เจีย จนสำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาโท และต่อมาก็ได้สำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาเอกที่ มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย ซึ่งสำเร็จการศึกษาเป็นคนแรกในระดับชั้น เมื่อสำเร็จการศึกษาแล้วก็ได้รับมอบหมายให้สอนวิชาเศรษฐกิจการเมืองเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ระยะหนึ่ง ก่อนจะกลับมาเป็นอาจารย์คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และดำรงตำแหน่งรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการและคณบดี คณะรัฐศาสตร์ นอกจากนั้นได้รับเชิญไปเป็นศาสตราจารย์เยี่ยมเยือนที่ The Paul H. Nitze School of Advanced International Studies (SAIS) ในวอชิงตัน ดี.ซี. ของมหาวิทยาลัยจอนส์ฮอปกินส์ อีกด้วย[6]

ดร.เอนก เหล่าธรรมทัศน์ ได้รับพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์พิเศษ สาขาวิชารัฐศาสตร์ คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ตั้งแต่วันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2553[7]