เอนโดซัลแฟนมีการใช้งานในการเกษตรทั่วโลกเพื่อควบคุมแมลงศัตรูพืชรวมทั้ง เพลี้ย เพลี้ยจักจั่นและหนอนในมันฝรั่งและกะหล่ำปลี เนื่องจากมีการออกฤทธิ์ที่เป็นเอกลักษณ์จึงเป็นประโยชน์ในการจัดการกับแมลงที่มีความต้านทาน แต่เพราะไม่เฉพาะเจาะจงมีผลกระทบในเชิงลบต่อประชากรของแมลงที่มีประโยชน์[3] เป็นพิษระดับปานกลางต่อผึ้ง [4] และเป็นพิษต่อผึ้งน้อยกว่ายาฆ่าแมลงกลุ่มออร์กาโนฟอสเฟต