ธงชาติเอมิเรตบูคารา (อังกฤษ: Emirate of Bukhara; เปอร์เซีย: شاهنشاهی بخارا‎; อุซเบก: Buxoro amirligi) เป็นรัฐที่อยู่ในเอเชียกลาง[2] บริเวณทรานส์ออกเซียนา (พื้นที่ระหว่างแม่น้ำอามูดาร์ยาและแม่น้ำซีร์ดาร์ยา)[3] สถาปนาโดยชาห์ มูราด ในปี ค.ศ. 1785 หลังพระองค์ทรงพิชิตดินแดนต่าง ๆ และขึ้นปกครองอาณาจักรข่านบูคารา ปี ค.ศ. 1868 รัฐเอมิเรตพ่ายแพ้ในสงครามกับจักรวรรดิรัสเซีย เสียดินแดนไปมากมาย รวมทั้งเมืองสำคัญอย่างซามาร์คันด์[4] ห้าปีต่อมา เอมิเรตบูคาราก็กลายเป็นรัฐในอารักขาของรัสเซีย[5] หลังจักรวรรดิรัสเซียถูกพิชิตโดยกองทัพบอลเชวิก รัฐเอมิเรตก็ถูกพิชิตไปด้วย และกลายเป็นสาธารณรัฐประชาชนโซเวียตบูคารา ในปี ค.ศ. 1920