ในฤดูใบไม้ผลิ ปีพ.ศ. 2464 เจ้าหญิงเอลิซาเบธทรงเหยียบผืนแผ่นดินกรีซครั้งแรกในฐานะ พระชายาในมกุฎราชกุมารแห่งกรีซ สถานะของพระราชวงศ์กรีกในตอนนั้นเริ่มดีขึ้น สมเด็จพระราชาธิบดีคอนสแตนตินที่ 1 ทรงได้กลับคืนสู่พระราชบัลลังก์ หลังจากต้องลี้ภัยในต่างประเทศถึงหลายปี ในตอนนั้นชาวกรีกแบ่งแยกเป็น 2 ฝ่าย คือ พวกนิยมปฏิวัติกับพวกนิยมกษัตริย์และพระราชวงศ์ ความขัดแย้งของสองพวกนับว่าตึงเครีนดมาก

เจ้าหญิงเอลิซาเบธทรงปรับตัวไม่ได้กับประเทศใหม่ ทรงมีความสัมพันธ์กับเชื้อพระวงศ์กรีกอย่างเย็นชาตามอุปนิสัยของพระองค์ พระองค์ทรงขาดความรู้ในการเป็นชาวกรีกและเชื้อพระวงศ์กรีก และเชื่อว่าชาวกรีกจะไม่ยอมรับพระองค์ในฐานะมกุฎราชกุมารีหากทรงไม่มีพระประสูติกาล

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2465 เจ้าหญิงเอลิซาเบธพร้อมพระสวามีได้เสด็จกลับโรมาเนียครั้งแรกหลังจากอภิเษกสมรส ในฤดูใบไม้ผลิ พระองค์ทรงพระประชวรอย่างหนักด้วยไข้ไทฟอยด์ พระราชินีมารีต้องเสด็จไปยังกรีซเพื่อดูแลอาการประชวรของเจ้าหญิง การประชวรครั้งนี้สร้างความทรมานอย่างยาวนานแก่เจ้าหญิง ในฤดูร้อน พระอาการประชวรของเจ้าหญิงได้ทุเลาลงมาก พระองค์ได้เสด็จกลับโรมาเนีย เข้าร่วมพระราชพิธีราชาภิเษกอย่างเป็นทางการของพระบิดาและพระมารดา ระหว่างทรงประทับอยู่ที่โรมาเนีย ได้เกิดเหตุการณ์ใหญ่ในกรีซคือ สมเด็จพระราชาธิบดีคอนสแตนตินที่ 1 ทรงถูกยึดอำนาจในเดือนกันยายน พ.ศ. 2465 และต้องเสด็จออกจากประเทศอีกครั้ง พระองค์ได้สละราชบัลลังก์ เจ้าชายจอร์จ พระโอรสได้ครองราชย์ขึ้นเป็น สมเด็จพระราชาธิบดีจอร์จที่ 2 แห่งกรีซ

ในวันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2465 เจ้าหญิงเอลิซาเบธได้เสด็จกลับกรีซในฐานะ "สมเด็จพระราชินีแห่งกรีซ" ทรงตระหนักถึงความไม่พร้อมที่จะเผชิญสถานการณ์ทางการเมืองในกรีซ พระองค์เริ่มจะปฏิเสธงานเลี้ยง,งานรับรองหรืองานทูตอย่างเป็นทางการ พระองค์ทรงพอพระทัยที่จะประทับที่ภาคใต้ของกรีซอย่างสงบ พระราชินีเอลิซาเบธทรงเพาะปลูกพรรณไม้ ขยายพันธุ์พืชแปลกๆ และทรงใช้เวลาในการอ่านหนังสือภาษากรีก และทั้งในฉบับภาษาเยอรมัน ทรงวาดภาพและเล่นเปียโน รวมทั้งเสด็จประพาส เวียนนา,ฟลอเรนซ์,ปารีสและลอนดอน

จากการที่สถานการณ์ภายในประเทศไม่ดีขึ้น ชนชั้นกลางได้โกรธแค้นและก่อการปฏิวัติกรีซขึ้นในปีพ.ศ. 2467 หลังจากพระราชพิธีราชาภิเษกของสมเด็จพระราชาธิบดีจอร์จที่ 2 เพียง 15 เดือน พระองค์ทรงถูกบังคับให้สละราชบัลลังก์(ซึ่งทรงครองราชย์อีกครั้งในปีพ.ศ. 2478) พระราชินีเอลิซาเบธทรงถูกถอดพระอิศริยยศ ซึ่งทำให้พระองค์โล่งพระทัย

หลังจากทรงลี้ภัยที่บูคาเรสต์ แล้วในลอนดอน ความสัมพันธ์ของทั้ง 2 พระองค์เริ่มเลวร้ายลง ทั้ง 2 พระองค์ทรงแยกกันประทับ และทรงหย่าอย่างเป็นทางการจนกระทั่งพ.ศ. 2478 อดีตพระราชินีเอลิซาเบธทรงกลับคืนสู่พระยศ "เจ้าหญิง" และเสด็จกลับโรมาเนียหลังจากทรงหย่า พระราชินีมารีทรงเล่าถึงความผิดหวังในพระธิดาว่า "ก่อนหย่า จอร์จได้พยายามหลายโอกาสที่จะคืนดีแต่พูดคุยกันผ่านผนังห้อง! เอลิซาเบธตอบโดยอ้างคนนั้นคนนี้ ดูเหมือนภรรยาของเขาซึ่งเป็นลูกฉันพยายามทำบางอย่างที่ไม่มีใครเข้าใจ จะมีใครเข้าใจเธออีกไหม?"[9]