เอเชียนเกมส์ครั้งนี้ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างมาก เกี่ยวกับการตัดสินของกรรมการในหลายชนิดกีฬาว่า เข้าข้างนักกีฬาชาติเจ้าภาพ คือ เกาหลีใต้อย่างมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่ง มวยสากลสมัครเล่น หรือฟุตบอลชาย ในมวยสากลสมัครเล่นมีหลายคู่ที่น่ากังขา ไม่ว่าจะเป็นในรอบ 16 คนสุดท้าย ในรุ่นไลต์เวต (60 กิโลกรัม) ระหว่าง สายลม อาดี นักมวยทีมชาติไทย กับ ฮัน-ซุลชู นักมวยทีมชาติเกาหลีใต้ ซึ่งสายลมเป็นฝ่ายแพ้ไปอย่างค้านสายตา[61] หรือ ทักส์ซอกต์ ยัมไบร์ นักมวยทีมชาติมองโกเลีย เป็นฝ่ายแพ้ ฮัม ซัง-เมียง ไปแบบเอกฉันท์ ในรุ่นแบนตั้มเวต (56 กิโลกรัม) ในรอบ 8 คนสุดท้าย ทั้งที่ยัมไบร์เป็นฝ่ายชกเอาจนใบหน้าของซัง-เมียงอาบไปด้วยเลือด แม้ทางทีมชาติมองโกเลียพยายามจะประท้วงแล้วแต่ก็ไม่เป็นผล และที่เป็นที่กล่าวขานมากที่สุด คือ การปฏิเสธรับเหรียญทองแดงและนำเหรียญดังกล่าวไปคล้องไว้ที่คอของ ปาร์ค-จีนา นักมวยหญิงทีมชาติเกาหลีใต้ที่ได้เหรียญเงิน ของ สาริตา เทวี นักมวยหญิงทีมชาติอินเดียในพิธีรับเหรียญ เนื่องจากผิดหวังและไม่ยอมรับการตัดสินของกรรมการที่ตัดสินให้ตัวเองแพ้ในรอบรองชนะเลิศ ในรุ่นไลต์เวต อีกทั้งเมื่อเทวีทำการประท้วงหลังการชกก็ไม่เป็นผล

ในส่วนของฟุตบอลชาย ในรอบรองชนะเลิศที่ ทีมชาติไทย พบกับ ทีมชาติเกาหลีใต้ ซึ่งไทยเป็นฝ่ายแพ้ไป 0-2 กรรมการที่ทำหน้าที่ตัดสินในครั้งนี้ชาวสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ก็ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักถึงการไม่ให้จุดโทษแก่ทีมชาติไทยในครึ่งหลัง ที่ทางทีมชาติเกาหลีใต้ล้มเอาแขนและลำตัวปัดลูกฟุตบอลในเขตโทษ แต่กลับให้จุดโทษแก่ทีมชาติเกาหลีใต้ในช่วงท้ายครึ่งแรก ทั้งที่การทำฟาวล์เกิดขึ้นในนอกเขตโทษชัดเจน

ในกีฬาแบดมินตัน ก็ถูกตั้งข้อกังขาเกี่ยวกับระบบปรับอากาศในสนามแข่งขันที่ส่งแรงลมแรงเกินจนทำให้ลูกขนไก่ของคู่แข่งของนักกีฬาชาติเจ้าภาพเปลี่ยนแปลงหรือเบี่ยงเบนทิศทางไป ซึ่งส่งผลต่อการแข่งขัน

ซึ่งเหตุการณ์ทั้งหมดเหล่านี้ได้ทำให้แฟนกีฬาของชาติที่เชื่อว่าตนถูกโกงได้พากันเข้าไปเขียนข้อความโจมตีเจ้าภาพและองค์กรกีฬาประเภทนั้น ๆ ซึ่งเป็นผู้ควบคุมและตัดสินทางเฟซบุ๊คและเครือข่ายออนไลน์ต่าง ๆ เป็นจำนวนมาก จนบางเพจต้องปิดหน้าเพจไป[62]

อีกทั้งระบบการจัดการแข่งขันก็ยังถูกวิจารณ์อีกด้วยถึงเรื่องความไม่สะดวกสบาย เช่น ลิฟต์ในที่พักของนักกีฬาที่ต้องรอนานถึงกว่าครึ่งชั่วโมง[63] รวมถึงพิธีเปิดที่มีการแสดงคอนเสิร์ตและแสดงโชว์ของบรรดานักร้องเค-ป๊อป รวมถึงดารานักแสดงชาวเกาหลีใต้จำนวนมาก จนทำให้ดูเหมือนว่าจะให้ความสำคัญกับดารามากเกินไป ทั้งที่เป็นพิธีเปิดการแข่งขันกีฬาที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของชาวเอเชีย[64]