โปรแกรมแก้ไขของไมโครซอฟท์ อาทิ ไมโครซอฟท์ ฟรอนต์เพจ และไมโครซอฟท์ เวิร์ด ไม่สามารถอ่านแฟ้ม MHTML ที่สร้างจากอินเทอร์เน็ตเอกซ์พลอเรอร์ได้อย่างถูกต้องสมบูรณ์ตามการจัดรูปแบบ เนื่องจากโปรแกรมสำหรับแปลงที่พบได้บนเว็บไซต์ของไมโครซอฟท์ใช้ได้กับเวิร์ดรุ่น 2000 เท่านั้น นอกเหนือจากนั้นไมโครซอฟท์ ออฟฟิศจะเก็บบันทึกแฟ้มที่ถูกเชื่อมโยง (เช่นรูปภาพ) โดยใช้ที่อยู่สัมพันธ์ (relative link) ในขณะที่อินเทอร์เน็ตเอกซ์พลอเรอร์เก็บบันทึกที่อยู่สัมบูรณ์ (absolute link)

ใน พ.ศ. 2549 ไมโครซอฟท์ แชร์พอยต์ดีไซเนอร์ รุ่น 2007 เริ่มสามารถอ่านและแก้ไขแฟ้ม MHTML ได้อย่างถูกต้องตรงตามรูปแบบที่กำหนด