ในช่วงแรกที่รายการแกะกล่องหนังไทยออกอากาศ จะมุ่งเน้นไปที่การเสนอฉายภาพยนตร์เก่าๆ ที่หายาก อาทิภาพยนตร์เก่าหายากของมิตร ชัยบัญชา แต่ในระยะหลังทางรายการเริ่มปรับเปลี่ยนมาฉายภาพยนตร์ไทยที่มีความหลากหลายมากขึ้น และไม่จำกัดว่าต้องเป็นหนังไทยเก่าเสมอไปเหมือนในช่วงแรก แต่มุ่งเน้นไปที่ภาพยนตร์ที่มีคุณค่าในด้านเนื้อหา หรือมีคุณค่าในด้านประวัติศาสตร์ และมีความคมชัด เพื่อให้สอดคล้องกับนโยบายของทางช่องไทยพีบีเอส หรือทีวีไทยในยุคนั้น

ภาพยนตร์ที่รายการแกะกล่องหนังไทยฉายเป็นเรื่องแรกคือ 7 พระกาฬ ออกอากาศเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2551 ส่วนภาพยนตร์ต่างประเทศที่ฉายเป็นเรื่องแรกคือ 55 DAYS AT PEKING ออกอากาศเมื่อวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2551