แคมโบเดียอังกอร์แอร์ ถูกก่อตั้งและให้บริการเต็มรูปแบบในเดือนกรกฎาคม ปี ค.ศ. 2009 โดยรัฐบาลกัมพูชาและเวียดนามแอร์ไลน์ พร้อมเงินทุนหนึ่งร้อยล้านดอลลาร์ ให้บริการชั้นประหยัดและชั้นธุรกิจบน Airbus A321 ส่วน ATR 72 ให้บริการเฉพาะชั้นประหยัด โดยสายการบินนี้มาแทนที่รอยัลแอร์แคมโบดจ์ ซึ่งให้บริการมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 2001 ปัจจุบัน แคมโบเดียอังกอร์แอร์ให้บริการเที่ยวบินไปยังจุดหมายต่าง ๆ ในทวีปเอเชีย และมีส่วนช่วยในการพานักท่องเที่ยวมาเยี่ยมชมนครวัด จังหวัดเสียมราฐ[4]

นับตั้งแต่เริ่มให้บริการ แคมโบเดียอังกอร์แอร์ได้กลายมาเป็นผู้ผูกขาดรายใหญ่ของตลาดการบินในประเทศ อย่างไรก็ตาม ในปัจจุบัน สายการบินต้องแข่งขันเที่ยวบินในประเทศกับสามสายการบินเอกชน ได้แก่ แคมโบเดียบายนแอร์ไลน์, บัสซากาแอร์ และสกายอังกอร์แอร์ไลน์