สืบเนื่องจากพระเจ้าไชยสิริ กษัตริย์โยนกเชียงแสน ครองเมืองชัยปราการ (เมืองฝาง) อพยพผู้คนหนีการโจมตีจากพวกมอญลงมาทางใต้ บรรดาเชื้อพระวงศ์และผู้คนต่างที่อพยพลงมาด้วยได้พากันแยกย้ายไปตั้งบ้านเมืองของตนอยู่ตามแคว้นต่าง ๆ โดยมีเมืองใหญ่ ๆ 2 เมืองคือ เมืองอโยธยาแคว้นละโว้ และเมืองอู่ทองแคว้นสุพรรณภูมิ ต่อมาพระเจ้าไชยสิริทรงขยายอาณาเขตไปทางใต้และได้ปกครองแคว้นศิริธรรมราช[1] และได้ตั้งเมืองนครศิริธรรมราช (นครศรีธรรมราช) เป็นเมืองหลวง

ราวพุทธศตวรรษที่ 16-17 ในช่วง พ.ศ. 1843-พ.ศ. 1893 เมื่องอู่ทองอยู่ภายใต้การปกครองของอาณาจักรสุโขทัย แต่มีหลายความคิดเกี่ยวกับเมืองสุพรรณภูมิ เช่น ต้นกำเนิดของพระเจ้าอู่ทองที่ยังคงมีความไม่ชัดเจน[2] การปกครองแคว้นสุพรรณภูมิควบคู่ไปกับการปกครองอาณาจักรสุโขทัย ในช่วงหลังการสถาปนากรุงศรีอยุธยา ภายหลังแคว้นสุพรรณภูมิได้ถูกลดความสำคัญลงเป็นหัวชั้นเมืองเอก (เมืองหน้าด่าน) เท่านั้น การปกครองจะมีการแต่งตั้งผู้ปกครองที่มีเชื่อสายราชวงศ์ทั้งทางสุโขทัยและอยุธยามาปกครองโดยมีตำแหน่ง "เจ้าเมืองอู่ทอง" ซึ่งเป็นศูนย์กลางการปกครองแคว้นสุพรรณภูมิสำหรับพระราชโอรสมักเรียกตามตำแหน่งสกุลยศว่า "ขุนหลวง" ในลักษณะคล้ายกับเมืองพิษณุโลกสองแคว และปกครองเมืองสรรค์ (แพรกศรีราชา) นอกจากนี้พระมหากษัตริย์ผู้ครองกรุงศรีอยุธยาต้องทรงแต่งตั้งพระชายาผู้สืบเชื้อสายจากผู้คลองอาณาจักรสุพรรณภูมิในตำแหน่ง "ท้าวอินทรสุเรนทร" ด้วย