ชาร์ลอตต์แห่งเม็คเคล็นเบิร์ก-สเตรลิตซ์ สมเด็จพระราชินีแห่งสหราชอาณาจักร พระมเหสีในพระเชษฐาของพระนางมาทิลดา ทรงปฏิเสธไม่ให้สตรีที่นอกใจสามีมาใช้ชีวิตในอาณาจักร ซึ่งก็คือ พระนางมาทิลดา เพราะทรงกลัวว่าจะนำความแปดเปื้อนมาสู่พระธิดาที่บริสุทธิ์ผุดผ่องของพระองค์

พระนางมาทิลดาทรงหวังจะได้เสด็จกลับอังกฤษ และดำรงพระชนม์ชีพอย่างเงียบๆ แต่เมื่อพระราชินีชาร์ล็อต ทรงปฏิเสธไม่ให้สตรีที่นอกใจสามีมาใช้ชีวิตในอาณาจักร เพราะทรงกลัวว่าจะนำความแปดเปื้อนมาสู่พระธิดาที่บริสุทธิ์ผุดผ่องของตน พระเจ้าจอร์จ ผู้เป็นพระเชษฐาทรงตัดสินพระทัยให้พระขนิษฐาไปประทับที่อาณาจักรฮาโนเวอร์ ในเยอรมนี พระนางต้องไปประทับที่ปราสาทเชลล์ที่ทิ้งร้างมานาน 70 ปีตั้งแต่สมัยของพระปัยกาของพระนาง พระนางทรงโศกเศร้าที่ต้องจากพระโอรสและพระธิดาแต่ทรงประทับใจที่พระธิดาได้เป็นพระบรมวงศานุวงศ์ของเดนมาร์ก ในวันที่ทรงต้องเสด็จออกเดินทางทรงต้องอำลาพระโอรสและธิดา หลังจากทรงอำลาเสร็จทหารได้พยายามบังคับให้พระนางเสด็จออกจากที่นั่น พระนางทรงร้องโวยวายว่า "ปล่อยข้านะ ข้าไม่เหลืออะไรอีกแล้ว!"[26] และพระนางก็ทรงพระกันแสงตลอดทางจนถึงเรือพระที่นั่ง

อนุสาวรีย์รำลึกถึงพระนางมาทิลดาที่เมืองเชลล์

ระหว่างการเดินทางออกจากเดนมาร์ก พีนางมาทิลดาทรงไม่ทราบเลยว่ามีเลียงสนับสนุนพระองค์มากขึ้นเรื่อยๆใน 3 ประเทศ ประชาชนชาวอังกฤษหลายคนแสดงความชิงชังพระเจ้าจอร์จที่ 3 ที่ทอดทิ้งพระขนิษฐาซึ่งตกเป็นเหยื่อสุนัขจิ้งจอกในราชสำนักเดนมาร์กที่มีแต่อันตรายรอบด้าน ส่วนประชาชนชาวเดนมาร์กก็มิได้ใส่ใจในพฤติกรรมนอกใจพระสวามีของพระราชินี พวกเขาพยายามหาวิธีที่จะให้พระนางมาทิลดากลับมาเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินแทนสมเด็จพระพันปีหลวงจูเลียนาที่เป็นเผด็จการ และขณะเดียวกันราษฎรชาวเยอรมันในเชลล์จัดงานเฉลิมฉลองต้อนรับพระนางราวกับว่าทรงดำรงพระยศเป็นพระราชินีอยู่ พระนางมาทิลดาทรงดำรงพระชนม์ชีพในเชลล์อย่างสงบ พระนางทรงไม่โปรดการทรงม้าอีกต่อไปเพราะจะทำให้นึกถึงสตรูเอนซี ซึ่งทำให้น้ำหนักเพิ่มขึ้นมาก พระนางทรงดำเนินงานการกุศลและรับเด็กหญิงกำพร้าชื่อ โซฟี มาเลี้ยงเป็นลูกบุญธรรมในวังด้วย

เนื่องจากพระอุปนิสัยที่โหดเหี้ยมและผูกพยาบาทของพระพันปีหลวงจูเลียนา ทำให้ทรงมีศัตรูมากมาย กลุ่มอิทธิพลต่างๆลุกขึ้นมาปลุกระดมเรียกร้องให้พระนางมาทิลดากลับมาแทนที่พระพันปีหลวง ในที่สุดผู้สมรู้ร่วมคิดคือ เอิร์นส์ ไฮน์ริช ฟาน สชิมเมลแมน นักการเมืองชาวเดนมาร์กและ นาธาเนียล แร็กซ์ออล นักเดินทางชาวอังกฤษวัย 22 ปี ได้รับอนุญาตให้เข้าเฝ้าอดีตราชินี และบอเล่าแผนการให้พระนางทรงทราบ พระนางได้ตกลงทันที จากนั้นแร็กซ์ออลได้เดินทางไปลอนดอนเพื่อขอพระราชทานกำลังสนับสนุนของพระเจ้าจอร์จที่ 3 แต่ไม่เป็นผล

เมื่อแร็กซ์ออลกลับมาเข้าเฝ้าพระนางมาทิลดา พระนางประกาศว่า พร้อมที่จะเสด็จกลับไปกุมอำนาจรัฐบาลโคเปนเฮเกนได้ในทันที พระนางมาทิลดากลับกลุ่มผู้สมรู้ร่วมคิดไปยังโคเปนเฮเกน ทั้งหมดจะลอบเข้าพระราชวัง ตามหาพระเจ้าคริสเตียนและให้พระองค์ลงพระนามในเอกสารมอบอำนาจการปฏิวัติ หลังการวางแผนสิ้นสุดลง พระนางทรงหวังจะได้กลับสู่เดนมาร์ก

แร้กซ์ออลเดินทางกลับไปยังลอนดอน วึ่งขณะนั้นในเชลล์เกิดโรคไข้รากสาดใหญ่ระบาดและมหาดเล็กคนหนึ่งของพระนางเสียชีวิต อีกทั้งโซฟี พระธิดาเลี้ยงก็เริ่มมีอาการป่วย พระนางทรงกังวลต่อสุขภาพของพระธิดาเลี้ยงโดยไม่ได้พักผ่อน พระนางจึงทรงพระประชวรไปด้วยอีกคน ในวันที่ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2318 พระนางทรงทราบข่าวว่าโซฟีพ้นขีดอันตรายแล้ว ตรัสว่า "เช่นนี้ข้าก็นอนตายตาหลับแล้วสินะ"[27] พร้อมกับหลับพระเนตร แล้วพระเนตรไม่เปิดอีกเลยจนกระทั่งสิ้นพระชนม์ ขณะมีพระชนมายุเพียง 23 พรรษา พระบรมศพได้ถูกฝังที่ โบสถ์เซนต์แมรีแห่งเชลล์ เคียงข้างพระศพของ โซเฟีย โดโรเธียแห่งเซลล์ พระปัยยิกาของพระองค์ ซึ่งทรงมีชะตากรรมที่คล้ายคลึงกัน