เมืองแจ็คสันได้รับการตั้งชื่อเมื่อปลายปี ค.ศ. 1893 โดยมาร์กาเร็ต ซิมป์สัน (Margaret Simpson) ซึ่งในขณะนั้นทำหน้าที่รับส่งจดหมายที่บ้านของเธอเนื่องจากไม่มีที่ทำการไปรษณีย์ เธอตั้งชื่อพื้นที่เพื่อให้ผู้คนในรัฐทางตะวันออกสามารถส่งต่อจดหมายไปยังรัฐทางตะวันตกได้ แจ็กสันซึ่งตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการในปี ค.ศ. 1914 ได้รับการตั้งชื่อตามเดวิด เอ็ดเวิร์ด "เดวี่" แจ็กสัน (David Edward "Davy" Jackson) ซึ่งเป็นพรานดักบีเวอร์ในพื้นที่ในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษ 1820 ร่วมกับหุ้นส่วนในบริษัท สมิธ แจ็กสัน แอนด์ซับเล็ตต์ (Smith, Jackson & Sublette)[2] แจ็กสันมีเชื้อสายไอริชและสก็อตแลนด์ เป็นหนึ่งในชาวอเมริกันเชื้อสายยุโรปกลุ่มแรกที่ใช้เวลาตลอดทั้งฤดูหนาวในหุบเขา[3]

แม้ว่าชนพื้นเมืองอเมริกันจะใช้หุบเขานี้เพื่อการล่าสัตว์และเพื่อประกอบพิธีกรรม แต่ก็ไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดก่อนคริสต์ทศวรรษ 1870 ว่าหุบเขานี้เป็นแหล่งรวมการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ตลอดทั้งปี คำกล่าวถึงและอธิบายลักษณะของหุบเขาถูกบันทึกไว้ในวารสารของจอห์น โคลเตอร์ (John Colter) ซึ่งเคยเป็นสมาชิกของคณะสำรวจลูวิสแอนด์คลาร์ก (Lewis and Clark Expedition) หลังจากกลับมาที่เทือกเขาร็อกกี โคลเตอร์ได้เข้ามาในภูมิภาคนี้ในปี ค.ศ. 1807 ในบริเวณใกล้กับช่องเขาทอกวอตี (Togwotee Pass) และกลายเป็นชาวอเมริกันเชื้อสายยุโรปคนแรกที่ได้เห็นหุบเขานี้ รายงานของเขาเกี่ยวกับหุบเขาในเทือกเขาทีตัน และพื้นที่เยลโลว์สโตนทางตอนเหนือถูกตั้งข้อสงสัยโดยผู้คนในสมัยนั้น คนกลุ่มแรกที่เข้ามาตั้งรกรากในภูมิภาคนี้คือชนพื้นเมืองอเมริกัน จากนั้นเป็นพรานนักค้าขนสัตว์ แล้วจึงมีผู้ตั้งถิ่นฐาน เนื่องจากดินไม่เหมาะสำหรับการปลูกพืช หุบเขาจึงถูกใช้สำหรับการเลี้ยงปศุสัตว์ และต่อมาการท่องเที่ยวก็ได้รับความนิยมอย่างรวดเร็วจากการก่อตั้งค่ายพักฟาร์มปศุสัตว์