ในการจำแนกดั้งเดิม ไฟลั่มแบรคิโอพอดถูกแบ่งออกเป็น 2 ชั้น คือชั้นอาร์ติคูเลตและชั้นอินอาร์ติคูเลต ด้วยอันดับของแบรคิโอพอดทั้งหมดได้สูญพันธุ์ไปตั้งแต่สิ้นมหายุคพาลีโอโซอิก การจำแนกจึงยึดถือเอารูปลักษณ์สัณฐาน (รูปร่าง)ของซากดึกดำบรรพ์เป็นเกณฑ์ แต่ในช่วง 40 ปีมานี้ได้มีการวิเคราะห์เพิ่มมากขึ้นทั้งในซากดึกดำบรรพ์และในแบรคิโอพอดที่ยังมีชีวิตอยู่ในปัจจุบัน โดยเฉพาะการศึกษาทางพันธุศาสตร์ได้นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงในการจำแนกทางอนุกรมวิธาน

การจำแนกทางอนุกรมวิธานถือว่าจนถึงปัจจุบันยังไม่หยุดนิ่ง ดังนั้นผู้ศึกษาต่างกันอาจจำแนกออกไปต่างกัน ในจำนวน 2000 ชิ้นงานดังส่วนหนึ่งในตำราบรรพชีวินวิทยาของสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง เขียนโดย วิลเลียม คาร์ลสัน และบรันตัน ได้นำเสนอแนวคิดการจำแนกแบรคิโอพอดเป็นกลุ่มคือ พวกเขาแบ่งแบรคิโอพอดออกเป็น 3 ไฟลั่มย่อย 8 ชั้น และ 26 อันดับ การจำแนกนี้เชื่อว่าจะใกล้เคียงกับประวัติวิวัฒนาการ ความหลากหลายของแบรคิโอพอดได้ลดลงอย่างชัดเจนเมื่อสิ้นมหายุคพาลีโอโซอิก มีเพียง 5 อันดับใน 3 ชั้นเท่านั้นที่อยู่รอดจนถึงปัจจุบันทั้งหมดประมาณระหว่าง 300 ถึง 500 ชนิด ขณะที่เมื่อเปรียบเทียบกับช่วงกลางของยุคไซลูเรียนจะมีแบรคิโอพอดอยู่ทั้งสิ้นถึง 16 อันดับ