เมื่อช่วงเย็นของวันที่ 2 มกราคม เกิดการชนกันที่ท่าอากาศยานฮาเนดะระหว่างเครื่องบินหน่วยยามฝั่งญี่ปุ่นที่ขนเสบียงช่วยเหลือทางมนุษยธรรมไปยังเหยื่อแผ่นดินไหวในนีงาตะและเครื่องบินแอร์บัส เอ350 ของเจแปนแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 516 ต้นทางจากท่าอากาศยานชินชิโตเซะ ทำให้เครื่องบินทั้งสองลำถูกทำลาย ผู้โดยสารทั้ง 379 คนบนเครื่องบินของเจแปนแอร์ไลน์ได้รับการอพยพ อย่างไรก็ดี มีผู้บาดเจ็บ 14 คน[121] กัปตันเครื่องบินของหน่วยยามฝั่งหนีออกมาได้ด้วยอาการบาดเจ็บสาหัส ขณะที่ลูกเรืออีกห้าคนเสียชีวิต[122][123][124]