ฟูมิโอะ คิชิดะ นายกรัฐมนตรี ประกาศตั้งศูนย์ฉุกเฉินพิเศษเพื่อรวบรวมและเผยแพร่ข้อมูลเกี่ยวกับแผ่นดินไหวและสึนามิ[61] มิโนรุ คิฮาระ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม สั่งให้กองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่นเข้าช่วยเหลืองานกู้ภัย[94] ต่อมาเขาประกาศการส่งกำลังพล 1,000 นายไปยังพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบ โดยอีก 8,500 นายอยู่ในสถานะเตรียมพร้อม อากาศยานของกองกำลังอีก 20 ลำถูกส่งบินเหนือพื้นที่เพื่อสำรวจความเสียหาย[95] มีการส่งเจ้าหน้าที่กู้ภัยราว 3,000 นายไปยังคาบสมุทรโนโตะ[96] เนื่องด้วยสิ่งกีดขวางบนถนนต่าง ๆ ความช่วยเหลือทางมนุษยธรรมถูกส่งไปยังคาบสมุทรด้วยเรือ ขณะที่ส่งด้วยเฮลิคอปเตอร์ไปยังพื้นที่โดดเดี่ยวเข้าถึงยากอื่น ๆ[97]

บริษัทพลังงานไฟฟ้าคันไซ, บริษัทพลังงานไฟฟ้าโตเกียว และบรัษัทพลังงานไฟฟ้าโฮกูริกุ กล่าวว่าพวกเขากำลังตรวจสอบเฝ้าระวังความผิดปกติในโรงไฟฟ้านิวเคลียร์[4][98][99] ต่อมา บริษัทพลังงานไฟฟ้าคันไซ[56] และโฮกูริกุรายงานว่าไม่มีความผิดปกติเกิดขึ้น[100] โดยเครื่องปฏิกรณ์ของโรงไฟฟ้านิวเคลียร์ชิกะในจังหวัดอิชิกาวะถูกปิดลงเมื่อเกิดแผ่นดินไหวสำหรับการตรวจสอบ คณะกรรมการกำกับดูแลนิวเคลียร์ยังไม่พบความผิดปกติของโรงงานไฟฟ้าตามแนวชายฝั่งทะเลญี่ปุ่น[77] บริษัทพลังงานไฟฟ้าโฮกูริกุปิดการใช้งานเครื่องกำเนิดสองเครื่องที่โรงไฟฟ้าพลังงานความร้อนในนานาโอะ[35]

มีการประกาศงดให้บริการชินกันเซ็งในภูมิภาคกลางและตะวันออกของประเทศหลังเกิดแผ่นดินไหว[101] ทำให้เกิดผู้โดยสารระหว่างโทยามะและคานาซาวะตกค้างอย่างน้อย 1,400 คนเป็นเวลากว่า 11 ชั่วโมง[73][102][103] การเดินรถไฟท้องถิ่นยังถูกหยุดถึง 24 ชั่วโมงหลังเกิดแผ่นดินไหว ทำให้เกิดผู้โดยสารรถไฟเที่ยวด่วนราว 1,400 คน[29] ชินกันเซ็งกลับมาให้บริการอีกครั้งในช่วงบ่ายของวันที่ 2 มกราคม[104] ทางพิเศษสายสำคัญหลายแห่งในพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบปิดลง[105] ออลนิปปอนแอร์เวย์และเจแปนแอร์ไลน์ยกเลิกเที่ยวบินไปยังจังหวัดโทยามะ, อิชิกาวะ และนีงาตะตลอดทั้งวันที่ 1 มกราคม[99] ต่อมาเจแปนแอร์ไลน์ประกาศเที่ยวบินเสริมไปยังสนามบินโคมัตสึในจังหวัดอิชิกาวะและสนามบินนีงาตะในวันที่ 2 มกราคม[106]

เช้าของวันที่ 3 มกราคม บริษัทรถไฟญี่ปุ่นกลับมาให้บริการบางส่วน อย่างไรก็ตาม สายการเดินรถท้องถิ่นยังคงงดให้บริการ กระทรวงที่ดิน โครงสร้างพื้นฐาน การขนส่ง และการท่องเที่ยว (MLIT) ยืนยันว่าสนามบินโนโตะจะคงปิดจนถึงวันที่ 4 มกราคม โดยการกลับมาให้บริการเต็มรูปแบบยังไม่มีวันกำหนด[107]

จังหวัดอิชิกาวะ, นีงาตะ, โทยามะ และฟูกูอิร้องขอความช่วยเหลือทางการเงินสำหรับเทศบาล 47 แห่งตามพระราชบัญญัติการบรรเทาสาธารณภัยซึ่งรัฐบาลกลางจะต้องครอบคลุมค่าใช้งานเกี่ยวกับการตอบโต้ภัยพิบัติและการฟื้นฟูราวร้อยละ 50–90 กระทรวงสาธารณสุขญี่ปุ่นมีคำสั่งให้โรงพยาบาลครอบคลุมประกันสุขภาพให้แก่ผู้ป่วยที่ได้รับผลกระทบจากแผ่นดินไหว รวมถึงผู้ป่วยที่ไม่มีประกันด้วยเช่นกัน[108] เจ้าหน้าที่ในจังหวัดอิชิกาวะเปิดอีเมลช่วยเหลือเพื่ออำนวยความสะดวกกับประชาชนและนักท่องเที่ยวที่ได้รับผลกระทบ[109]