ผลจากแรงสั่นสะเทือนทำให้เมืองคูมาโมโตะทั้งเมืองขาดการเข้าถึงน้ำ[24] ประชากรในหมู่บ้านนิชิฮาระทุกคนในจังหวัดคูมาโมโตะถูกอพยพออกจากพื้นที่ เพราะกลัวว่าเขื่อนที่อยู่ใกล้เคียงจะถล่มลงมา[24] ท่าอากาศยานคูมาโมโตะก็ปิดให้บริการทั้งหมดยกเว้นเที่ยวบินฉุกเฉิน และบริการคีวชูชิงกันเซ็งก็ถูกระงับ หลังจากรถไฟตกรางเนื่องจากแผ่นดินไหว[25] โครงสร้างจำนวนมากถล่มลงมาหรือบางส่วนก็ถูกไฟไหม้อันเป็นผลมาจากแผ่นดินไหว เจ้าหน้าที่ของรัฐประเมินว่ามีอาคารมากกว่า 1,000 หลังได้รับความเสียหายอย่างหนัก โดย 90 หลังถูกทำลายทั้งหมด[26] โรงพยาบาลขนาด 500 เตียงในเมืองคูมาโมโตะ ได้รับความเสียหายที่ฐานราก ทำให้ต้องอพยพผู้ป่วยทั้งหมด[27] และแผ่นดินไหวยังทำให้ก๊าซธรรมชาติรั่วทำให้ ไซบุแก๊ส ต้องงดการบริการชั่วคราวในเมือง [28]

เกิดดินถล่มหลายครั้งทั่วภูเขาในภูมิภาคคิวชู ทำให้ถนนบางส่วนไม่สามารถสัญจรได้[29][30] เช่นเดียวกับสะพานอาโซะใหญ่ [ja]ของทางหลวงแผ่นดินญี่ปุ่นหมายเลข 325 ในมินามิอาโซะที่ถล่มลงไปในแม่น้ำคูโรกาวะ[31]

ศาลเจ้าอาโซะยังได้รับความเสียหายอย่างหนักจากแผ่นดินไหว ประตูโรมงของศาลเจ้าและไฮเด็น ซึ่งจัดเป็นทรัพย์สินทางวัฒนธรรมที่สําคัญของรัฐบาลญี่ปุ่น ทั้งสองแห่งพังทลายลงทั้งหมด [32]ปราสาทคูมาโมโตะ เป็นอีกหนึ่งทรัพย์สินทางวัฒนธรรมที่สําคัญได้รับความเสียหายบริเวณหลังคาและกำแพงภายนอก เนื่องจากแผ่นดินไหวโดยตรงและแผ่นดินไหวตามที่ตามมา [33] ความเสียหายยังรวมถึง ชาจิโฮโกะของปราสาทก็เสียหายหนัก[34] และกระเบื้องคาวาระจำนวนมากก็ตกลงมาจากหลังคาเช่นกัน อาคารประวัติศาสตร์อื่น ๆ เช่น Janes' Residence ซึ่งเป็นบ้านสไตล์ตะวันตกหลังแรกที่สร้างขึ้นในคูมาโมโตะ (ตั้งแต่ปี 1871) ก็ถูกทำลายทั้งหมด[35] [36] ทรัพย์สินทางวัฒนธรรมที่จดทะเบียนแบบเดิมตั้งอยู่ในบริเวณปราสาทคูมาโมโตะ แต่ต่อมาได้ย้ายไปยังซูอิ เซ็นจิ โจจูเอ็น

ประมาณการความเสียหายทางเศรษฐกิจล่วงหน้าประมาณ $ 5.5 พันล้านถึง $ 7.5 พันล้าน การประกันภัยคาดว่าจะอยู่ที่ $ 800 ล้านถึง $ 1.2 พันล้าน [37] ตลอดช่วงครึ่งแรกของปี 2559 บริษัทประกันภัยได้จ่ายค่าสินไหมทดแทนความเสียหายที่อยู่อาศัยมูลค่าประมาณ 3.2 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ จากข้อมูลของสมาคมประกันภัยทั่วไปแห่งประเทศญี่ปุ่น[38]

• สะพานอาโซะใหญ่ในมินามิอาโซ ถล่มลงในแม่น้ำคูโรคาวะ เนื่องจากดินถล่ม
• ป้อมปราการอินุอิทางตะวันตกเฉียงเหนือ และกําแพงของปราสาทคูมาโมโตะ[39]
• ซากปรักหักพังของบ้านพักเจนส์
• ซันไลฟ์ เค็นกุน ที่เสียหายบนถนนคนเดินในตัวเมืองคุมาโมโตะ