วันที่ 16 เมษายน เวลา 01:25 น. (เวลามาตรฐานญี่ปุ่น) (16:25 UTC 15 เมษายน) เกิดแผ่นดินไหวขนาด 7.3 แมกนิจูด ในเขตฮิงาชิ เมืองคูมาโมโตะทำให้เกิดความเสียหายเพิ่มเติมจากแผ่นดินไหวครั้งก่อน แรงสั่นสะเทือนและความเสียหายที่รุนแรงสามารถบันทึกได้ไปไกลถึงเมืองเบ็ปปุ จังหวัดโออิตะ และเมืองปูซานในประเทศเกาหลีใต้สามารถวัดแรงสั่นได้ III (อ่อน) [17]มีการออกคําแนะนําเกี่ยวกับคลื่นสึนามิในเวลา 01:27 น. ในพื้นที่ริมชายฝั่งทะเลอาริอาเกะและทะเลยัตสึชิโร โดยคาดการณ์ความสูงของคลื่นที่ 0.2 ถึง 1 เมตร (0.7 ถึง 3.3 ฟุต) [18]แต่ก็ถูกยกเลิกต่อมาในเวลา 02:14 น.

มีผู้เสียชีวิต 35 ราย และบาดเจ็บอีกกว่า 2,000 คน ตํารวจจังหวัดคูมาโมโตะได้รับรายงานทางโทรศัพท์มากกว่า 300 สาย และตํารวจจังหวัดโออิตะได้รับรายงานประมาณ 100 สายบางคนรายงานว่ามีคนติดหรือฝังอยู่ใต้เศษซากอาคาร[19]มีผู้อพยพมากกว่า 91,700 คน[20]ทหารอีก 15,000 นายจากกองกําลังป้องกันตนเองญี่ปุ่นเข้าร่วมช่วยเหลือผู้ประสบภัย ในวันที่ 18 เมษายน จํานวนผู้ที่ต้องการสถานพักพิงชั่วคราวเพิ่มขึ้นเป็น 180,000 คน ในขณะที่มีผู้สูญหาย 8 คนจากเหตุแผ่นดินถล่มที่เกิดจากแผ่นดินไหว [21]